自社株を売る時の税金で手取りを見誤らないための売却先と納税資金の確認

この記事の対象と結論

自社株を売る時の税金は、誰に売るかで扱いが変わります。個人が第三者へ売る場合、原則として売却で得た利益に課税されます。売却代金の全額に税率を掛ける計算ではありません。

借入の連帯保証を抱え、廃業を考えている社長には、税額とあわせて確かめたいことがあります。会社を譲った後の借入と、自分の保証の扱いです。税金を払った後にお金が残っても、保証の負担が残る可能性があります。

売却先、税金を引いた手取り、連帯保証の扱いを並べて判断してください。 資金繰りに追われるなかで、相談する経営者は珍しくありません。廃業か売却かを決めきれていなくても、会社と個人のお金を分けるところから整理を始められます。

自社株の売却先を確かめると、税金の入口が分かる

自社株の税金を調べる入口は、株式を買う相手の確認です。第三者への売却と、株式を発行した会社による買い取りでは、受け取るお金の税務上の扱いが異なります。

第三者に売るなら、個人の譲渡益が計算の出発点

社長個人が持つ株式を別の個人や買い手企業に売る場合、売り手は社長です。代金も原則として社長個人が受け取ります。会社の売上とは別のお金です。

税金を計算する対象は、受け取った代金から取得費などを差し引いた利益。他の所得と分けて税額を計算する扱いを「申告分離課税」と呼びます。給与の金額だけで株式売却の税額を決める仕組みではありません。

廃業を迷う場面では、「会社をいくらで買ってもらえるか」に意識が向きがちです。ただ、買い手の提示額だけでは使えるお金は分かりません。株式の取得に使った金額と売却費用を確かめ、税額の見込みを出す必要があります。

根拠は、国税庁タックスアンサー「株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）」です。

発行会社に買ってもらう場合は、みなし配当を確かめる

自分の会社に株式を買い取ってもらう場合は、第三者への売却と同じ計算で済むとは限りません。受取額の一部が、税務上は配当として扱われる場合があります。これが「みなし配当」です。

見た目は株式の売買でも、課税の区分が分かれます。譲渡所得等として計算する部分と、配当所得として扱う部分を確認してください。受取額の全体を譲渡益として試算すると、納税資金が不足するおそれがあります。

買い取り資金を出すのは自社です。資金繰りが厳しい会社なら、株主へ支払った後も事業の支払いを続けられるかが問題になります。税金が有利かどうかだけで進める取引ではありません。

詳しくは自社株を会社が買い取る税金の内訳と、廃業を考える社長が残せるお金の見方をご覧ください。

事業譲渡では、代金を受け取るのは会社

会社が事業や設備などを買い手に譲る場合、代金を受け取る主体は会社です。社長個人が自分の株式を売る取引とは、お金の流れが異なります。

事業譲渡で会社に入ったお金を、そのまま社長の生活費とは扱えません。会社側の税負担や債務への対応を確かめる必要があります。個人へお金を移す根拠も、別に整理してください。

買い手から「事業だけを引き継ぎたい」と言われたら、取引の形を確認します。提示額が同じでも、個人に残るお金は同じにならないためです。「会社を売る」という言葉だけでは、税金の計算に進めません。

廃業後の財産分配も、株式売却と同じ税率とは限らない

会社を解散し、債務などを整理した後に財産が残れば、株主へ分配する場面があります。この受取額にも税務上の区分があります。

国税庁の説明では、残余財産の分配額からみなし配当部分を除いた額が対象です。その額を、株式等の譲渡所得等の収入金額とみなします。非上場株式の清算に伴うみなし配当部分は、総合課税の配当所得として扱われます。

売却しないから税金もかからない、とは判断しないでください。一方、会社に残る現金がすべて株主へ渡るわけでもありません。先に会社の支払いを洗い出し、分配できる財産があるかを確かめます。

根拠は国税庁「株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合」と「配当金を受け取ったとき（配当所得）」です。

第三者へ売る税金は、売値から取得費などを引いて見積もる

個人が第三者へ自社株を売る場合、譲渡益を出してから税額を見積もります。売却価格が分かっていても、取得費や売却費用が未確認なら、手取りの試算には幅が残ります。

譲渡益にかかる税率と、その適用範囲

個人の株式譲渡益は、原則として所得税と住民税の対象です。給与などと分けて計算します。発行会社による買い取りのみなし配当部分は、同じ税率を当てはめる対象から分けてください。

個人の株式等の譲渡益に対する税率は、所得税15%と住民税5%です。平成25年から令和19年までは、所得税額に2.1%の復興特別所得税が加わります。この期間の合計税率は20.315%。出典は国税庁「株式等を譲渡したときの課税」、確認日は2026年8月15日です。

概算は、次の順序で組み立てます。

1. 株式の売却代金を確認する
2. 取得費と控除できる費用を確かめる
3. 差額の譲渡益から税額を見積もる

税率だけを覚えるより、どの金額に掛けるかを押さえてください。取得費が増減すれば、同じ売値でも税額は変わります。売却先が変わった場合は、課税区分から見直す流れです。

取得費は、今の会社の価値とは別に調べる

取得費は、その株式を取得するために負担した金額などです。今の会社の純資産や、買い手が評価した企業価値を、そのまま取得費として使うことはできません。

創業時から持つ株式でも、その後に追加取得している場合があります。以前の株主から購入した株式もあるかもしれません。まず取得の経緯を振り返ってください。

• 設立時に引き受けた株式か
• 後から購入した株式があるか
• 増資で取得した株式があるか
• 相続や贈与で受け取った株式か

経緯が分かれば、探す資料を絞れます。逆に、会社の現在の資本金だけを見て、社長の取得費を決めるのは避けたいところです。持株数や取得時期も合わせ、税理士による確認につなげます。

会社へ貸したお金も、株式を取得したお金とは分けます。資金を出した記憶があっても、貸付なのか出資なのかで扱いが変わるためです。

資料が見つからないときは、未確認のまま試算を分ける

古い会社では、株式の購入契約書や払込資料が見つからないことがあります。資料不足だけで売却の検討を止める必要はありません。ただし、記憶だけで取得費を埋めるのは避けてください。

確認の手がかりになる資料を整理します。

• 株式取得時の契約書
• 出資や購入の支払記録
• 株主構成が分かる資料
• 過去の税務申告に使った資料

手元にあるものと、不足しているものを分ければ十分です。未確認の項目は空欄にし、その前提で概算を作ります。確認できた場合と難しい場合の税額の差を、税理士に見てもらう流れです。

家族から受け継いだ株式も、自分の支出がないという理由だけで判断しません。取得経緯を先に確かめると、後から税額を組み直す負担を減らせます。

支払った費用のすべてが、税務上差し引けるわけではない

売却に伴う支出には、税額計算で差し引けるものと、手取りだけを減らすものがあります。仲介報酬なども、名称だけで一括判断せず、株式売却との関係を確認してください。

計算表は、目的ごとに分けると整理しやすくなります。

たとえば、会社への資金補填に使ったお金は、個人の現金を減らします。しかし、その支出を株式の譲渡益からそのまま控除できるとは限りません。会社の借入返済も同じ発想で扱わないでください。

領収書の有無だけでは決まりません。誰が、何のために負担した費用かを確認します。契約書や請求書を残し、税額の試算と個人の資金表にどう反映するかを確かめてください。

税額が分かっても、売却代金を使い切らない

売却後に使えるお金は、税額だけでは決まりません。代金の入金条件と実際の支出を並べ、納税に充てる資金を手元に残して判断します。

売却代金と、自由に使える手取りを分ける

買い手が提示する株式の価格は、個人の最終的な手取りとは異なります。報酬などが精算される場合には、その分だけ入金額や残高が変わります。納税資金の確保も必要です。

税金の計算表と、個人のお金の出入りを示す表は分けてください。 同じ表で処理すると、税務上控除できない支出まで譲渡益から引いてしまうおそれがあります。

個人の資金表では、次の項目を確かめます。

• 契約上の株式譲渡代金
• 売却時に精算する報酬
• 別途支払う費用
• 納税のために残す金額
• 売却後の暮らしに使う資金

取得費にも注意が要ります。過去に支払った取得費は、税額計算で差し引いても、今回の入金時に再び払うお金とは限りません。手元資金から重ねて引かないよう、過去の支出と今後の支出を分けます。

詳しくは自社株の利益にかかる税金と手取りの計算帳｜廃業・売却で混同しやすいお金をご覧ください。

分割払いや後日の精算があるときは、入金予定も確認する

売却価格の合意と、その全額が口座へ入ることは別です。代金の分割払いや、後から金額を精算する条件が付く場合も考えられます。

契約書では、総額に加えて次の項目を確認してください。

• いつ支払いを受けるか
• 支払いに条件が付いているか
• 後から価格が変わる可能性があるか
• 費用を誰がいつ精算するか

入金が先送りされるなら、納税時期との関係を税理士に確認します。入金日だけを見て、所得を申告する時期まで判断しないでください。受け取る時期と課税の時期は、分けて点検する対象です。

廃業を検討する社長には、価格に加えて資金の見通しも欠かせません。提示額が高くても、必要な支払日にお金が届かない条件では困ります。支払条件まで並べれば、優先すべきことが見えやすくなります。

確定申告の準備は、契約内容が固まる段階から始める

非上場の自社株売却では、所得と税額を計算し、必要な申告を進める準備が要ります。売却代金から税金がすべて差し引かれる前提で、残高を使い切らないでください。

契約内容が固まった段階で、税理士へ渡す資料もそろえます。

• 株式譲渡契約書
• 取得費の根拠資料
• 売却費用の請求書
• 代金の入金記録
• 価格変更や精算の記録

契約前の概算と、売却後の実額は別に管理します。報酬や価格が変わったなら、納税用に残す金額も更新してください。見積もりを作った時点の数字だけでは足りません。

会社の決算を依頼している税理士がいても、個人の申告まで依頼に含まれているかは確認が必要です。誰が何を準備するかを決めておけば、引き継ぎに追われても申告の準備を進めやすくなります。

納税資金が足りないときは、要件と期限を切り分ける

売却代金を返済などに使い、税金を払えない見通しになったら、不足額を先に出します。入金予定と支出予定を並べ、いつ足りなくなるかを確認してください。

国税の「納税の猶予」には、事業の廃止や著しい損失などの要件があります。国税通則法第46条第2項の文言は「その事業につき著しい損失を受けたこと」などです。その事実により一時に納付できないと認められる場合、申請に基づき1年以内の猶予が検討されます。出典はe-Gov法令検索「国税通則法」、条文確認日は2026年8月19日です。

別に、財産の売却を猶予する「換価の猶予」があります。国税徴収法第151条の2では「その生活の維持を困難にするおそれ」などが要件です。納税への誠実な意思も求められます。申請期限は納期限から6月以内、猶予期間は1年以内です。出典はe-Gov法令検索「国税徴収法」、条文確認日は2026年8月19日です。

どちらも、税金が消える制度とは異なります。会社の資金難だけで、社長個人の税金に適用されるとも決まりません。本人の事情と必要書類を整理し、税理士と適用要件を確認する必要があります。

廃業との比較は、会社の支払いと個人の税金を分ける

廃業と株式売却を比べる際は、会社に残る資金と個人に残る資金を別々に見積もります。個人の税率だけで選ぶと、会社側の費用や債務への対応が抜け落ちます。

株式譲渡でも、会社の借入は会社に残る

株式譲渡では株主が変わりますが、会社は存続します。会社名義の借入は、株式の売買だけで消えるものではありません。買い手は借入を含む会社の状態を見て、価格や条件を検討します。

混同しやすいのが、株価と借入返済額です。借入が評価に織り込まれた株価から、さらに借入全額を引くと、手取りを過少に見積もる可能性があります。

反対に、売り手が返済資金を負担する条件なら、その支出を見落とせません。契約と資金の動きを照らし合わせてください。

• 借入を誰が返済する条件か
• 買い手が会社へ資金を入れるか
• 売り手の追加負担があるか
• 保証の扱いがどう決まっているか

「借入込みの価格」という言葉だけでは不十分です。どの口座から何を払うかまで確認すると、株価に反映済みの負担と、別に払う負担を分けられます。

事業譲渡は、会社側の税負担を踏まえて比べる

事業譲渡で生じる資産の譲渡による収益は、原則として法人の益金に算入されます。他の損益などと合わせ、会社の所得と税額を計算する流れです。根拠は法人税法の益金算入に関する一般原則です。

譲渡代金の全額が、そのまま課税所得になるわけではありません。また、赤字だから税金がかからないとも決められません。譲る資産の帳簿上の金額や、その期の損益を確認します。

消費税の扱いも分けて見てください。国税庁は、有価証券等の譲渡を非課税取引に含めています。土地の譲渡も非課税です。こうした非課税取引の一般原則を、事業譲渡の対象ごとに当てはめて整理します。

価格が税込みかどうかも確認対象です。会社に入る金額と、税負担を見込んだ後の資金を並べてください。出典は国税庁「非課税となる取引」です。

清算するなら、残余財産があるかを先に見積もる

会社を清算する場合は、資産を換金した額から支払いなどを整理します。帳簿に資産が載っていても、その金額で売れるとは限りません。売掛金も回収の見込みを点検する必要があります。

見積もる項目は、会社の状況に応じて変わります。

• 回収や売却が見込める資産
• 返済すべき借入
• 未払いの事業上の支出
• 会社の税金や社会保険料
• 閉鎖や清算に伴う費用

支払いを終えた後の財産分配が見込めて、初めて株主側の課税を具体化できます。分配が見込めない状況なら、節税の比較より、会社の債務と保証への対応が先です。

税負担が小さく見える案でも、実行に必要な資金が足りなければ進みません。売却案と廃業案を、同じ時点の残高と支出見込みで比べてください。廃業後の生活に使える額も、そのうえで計算します。

赤字や債務超過と、株主個人の譲渡益は別に判定する

会社が赤字でも、社長個人に株式の譲渡益が出る場合があります。会社の損益と個人の所得は別の計算だからです。債務超過という理由だけで、個人の税金が出ないと判断しないでください。

一方、債務超過でも売却を検討する余地はあります。買い手が事業の継続に価値を見いだせば、引き継ぎの条件を探れるためです。帳簿の数字だけでは決まりません。

当社が支援して成約した案件には、売上が1億円前後の会社があります。債務超過は5,000万円規模、借入は8,000万円規模でした。過去の成約資料を2026年8月16日に確認した実例の概数です。個別の株価や税額を示す数字ではありません。

自社で判断する際には、買い手の評価と取得費を別々に確かめます。過去の成約例を、そのまま自分の手取り予測に使うことは避けてください。

株式を売っても、連帯保証の解除は別に確認する

株式の売却と連帯保証の解除は、別の確認が必要です。買い手との契約に保証の扱いを書いても、それだけで金融機関に対する保証が外れるわけではありません。

株主や代表者が変わることと、保証が外れることは違う

社長を退任し、株式を手放した後も、従前の保証契約が残る場合があります。経営から離れたという理由だけで、返済に関する責任が終わったと考えないでください。

保証の対象は、決算書の借入残高だけでは把握しきれないことがあります。手元の契約書などと照らし合わせて整理します。

• どの借入に保証を付けているか
• 誰が保証人になっているか
• 解除に向けた条件は何か
• 解除を確認する書面は何か

売却代金の受領と、保証解除の確認を別の完了項目にしてください。 入金が済んでも、保証に関する確認が終わっていなければ、個人の負担を見通せません。

税引後の手取りが多い案でも、保証が未整理なら条件の見直しが必要です。家族に売却後の暮らしを説明するときも、未確定の保証を残したままにしないようにします。

買い手の約束と、金融機関の同意を混同しない

買い手が「保証を引き継ぐ」と説明しても、金融機関の同意が得られているかは別です。売り手と買い手の合意だけで、債権者側の権利まで変えられるとは限りません。

保証に関する契約条件は、実行の見通しと合わせて確認します。解除を目指すという説明で止めず、誰が何を準備するかを明らかにしてください。

金融機関との協議の主体は経営者本人です。必要に応じ、依頼した弁護士等の専門家が対応します。あさひ国際会計株式会社は、その協議に必要な財務資料を整備します。事業価値の説明資料の作成や、M&Aの条件設計も後方支援として担う役割です。

保証の不明点は、税額の試算と並行して確認します。売却直前まで残すと、取引条件を見直す時間が限られるためです。

株価に加えて、従業員と家族に残る影響を比べる

廃業を検討する会社では、株価だけを高めることが目的にならない場合があります。従業員の雇用や、取引先への供給を続けられるかも判断に関わります。

事業を残すことと、社長個人の生活を守ることは、両方を確認する必要があります。従業員のためにと納税資金まで会社へ入れると、その後に個人の支払いが苦しくなるおそれがあります。

比較の際には、次の条件を同じ表に置いてください。

• 税金と費用を引いた個人の手取り
• 会社の支払いを続けるための資金
• 連帯保証の解除に向けた条件
• 従業員と事業の引き継ぎ内容

高い提示額だけで決めず、条件を実行できるかまで見ます。家族へは「いくらで売れるか」に加えて、「何の負担が残るか」も伝えてください。罪悪感から個人の資金を出し続ける前に、負担の上限を共有するためです。

過去の解除実績は、自分の案件の条件と分けて読む

あさひ国際会計株式会社が、これまで成約に至った案件では、いずれも連帯保証の解除まで見届けています。ただし金融機関の同意が前提です。すべての会社で同じ結果になると言い切れるほど単純ではありません。

自社の検討では、過去の実績を聞くだけで終えないでください。現在の借入契約と買い手候補の資金計画を踏まえ、解除に向けた条件を整理します。

解除の見通しが立たなければ、価格が合意できても個人の問題は残ります。譲渡を進める条件を見直すのか、別の対応を検討するのか。税引後の手取りとは別に、判断する項目です。

詳しくは自社株を売る税金と手取りの差｜廃業を考える社長が押さえたい課税と連帯保証をご覧ください。

売るか廃業するかを決める準備は、資料と資金の整理から

売却と廃業を比較する準備は、株式の取得経緯と支払い予定の整理から始められます。会社と個人の資料を分ければ、税金と保証の未確認事項を見つけやすくなります。

手元にある資料で、分からない箇所を明らかにする

廃業を迷っている段階では、資料がそろっていなくても構いません。探し続けて相談を遅らせるより、何が不明かを伝えられる状態にします。

手元にある範囲で、次の資料を分けてください。

• 直近の決算書と試算表
• 借入残高や返済予定の資料
• 連帯保証の契約が分かる資料
• 株主構成と取得経緯の資料
• 当面の入出金が分かる資料

会社の通帳残高と個人の預金は、別の欄に記載します。個人から会社へ貸しているお金があれば、その事実も伝えてください。株式代金と貸付金の返済を混ぜて考えないためです。

資料には確認日も付けます。古い決算書だけで余裕があると判断せず、足元の支払いが見える状態に整えてください。支払期限が迫っているものは、相談の最初に伝えます。

税務、契約、事業の引き継ぎで役割を分ける

税額の計算と申告は税理士の専門領域です。取得費やみなし配当の判定など、税務上の判断を確認します。仲介側の概算だけで申告額まで決めないでください。

契約上の責任や債務整理などの法的判断は、弁護士が担います。M&A仲介が扱うのは、引き継ぎ先の検討や取引条件の整理です。

状況によっては法的整理が適切な場合もあります。返済の見通しや事業を続ける資金によって、選ぶ道は変わります。弁護士から法的整理を提案されている場合は、その理由も比較の前提にしてください。

当社への相談では、まず事業と保証の状況を整理します。そのうえで、税務や法務で確認が必要な論点を明らかにします。専門家ごとに違う前提で話が進まないようにするためです。

費用を先に払えない場合も、精算方法を確認する

当社への相談は無料で、着手金はありません。報酬は成約時に譲渡代金の中から精算するため、売り手の手元からの持ち出しは0円です。対象は当社の仲介報酬で、2026年8月11日確認の自社の費用条件です。

成功報酬が無料という意味ではありません。譲渡代金から報酬を差し引くため、残る金額で納税資金と暮らしの資金を考えます。

相談時には、次の項目を確認してください。

• 成約時の報酬額と計算方法
• 譲渡代金から精算する項目
• 別途の専門家費用の有無
• 税金を含めた個人の残額

税理士や弁護士へ別途依頼する業務は、その費用条件も分けて確認します。手元資金が足りないなら、不足額と支払時期を伝えてください。税金や別途の専門家費用まで、当社報酬と同じ精算方法になるわけではありません。

買い手の提示額が出たら、同じ前提で試算を更新する

売却の初期には、価格も条件も仮の段階です。具体的な提案が出たら、当初の税額と手取りをそのまま使わず、試算を更新します。

確認は次の順に進めると整理しやすくなります。

1. 株式譲渡か事業譲渡かを確かめる
2. 受取額と支払条件を書き出す
3. 税金と実際の費用を見積もる
4. 借入と保証の条件を照合する
5. 廃業した場合の資金と比較する

比較表には、未確定の項目を残してください。空欄を都合のよい見込みで埋めると、判断を誤りやすくなります。条件付きの金額は、その条件も併記します。

提示額が変わらなくても、入金時期や売り手負担が変われば資金の見通しは変わります。最終契約の前に、税理士の試算と取引条件が同じ内容になっているかを確かめてください。

よくある質問

自社株を売ると、売却代金の全額に税金がかかりますか？

個人が第三者へ売る場合は、原則として取得費などを差し引いた譲渡益に課税されます。売却代金の全額を、そのまま利益とは扱いません。ただし、発行会社による買い取りでは、みなし配当として扱われる部分の確認が必要です。最初に売却先を区別してください。

会社が赤字なら、社長個人の株式売却にも税金はかかりませんか？

会社の赤字と、社長個人の株式譲渡益は別に計算します。会社の業績だけで個人の税額は決まりません。売却価格と取得費などを確認し、個人に利益が生じるかを判定します。赤字の決算書があるという理由だけで、納税資金を使い切るのは避けてください。

売却代金で会社の借入を返せば、その分だけ税金は減りますか？

会社の借入返済に使った額を、個人の株式譲渡益からそのまま差し引けるとは限りません。個人の手元資金が減ることと、税務上の控除は別です。誰の債務を、どの契約に基づいて払うのかを整理してください。その内容を踏まえ、税理士が税務上の扱いを確認します。

税金の資料がそろっていなくても、廃業と売却を相談できますか？

あさひ国際会計株式会社では、方向が決まっていない段階の相談も承っています。会社の資金状況と、分かる範囲の借入・保証内容をお知らせください。取得費が不明なら、その点を残して検討を始められます。正確な税額は、必要資料と取引条件を確認したうえで税理士が算定します。

まとめ

株式の売却先、取得費が分かる資料、借入と保証の内容を、手元にある範囲で整理してください。廃業か売却か迷っている段階でも、あさひ国際会計株式会社への相談で、税務の確認事項と引き継ぎの条件を整理できます。

他社で断られた場合も、その理由をお知らせください。状況によっては法的整理が適切な場合もあるため、売却だけを前提にせず、資金と保証の見通しを確かめます。

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この記事を書いた人

あさひ国際会計株式会社 代表取締役 金子広夢
東京都中央区日本橋兜町17番2号 兜町第6葉山ビル4階／中小企業庁 M&A支援機関登録制度 登録支援機関
連帯保証の解除を見据えた再生型M&Aを専門に、年間60件以上のM&A仲介の成約実績があります。
他社で断られた案件のご相談も承っています。ご相談は無料です。

無料相談はこちら　／　お急ぎの方はお電話でも承ります 03-5657-7496

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最終更新日: 2026年9月22日