自社株の利益にかかる税金と手取りの計算帳｜廃業・売却で混同しやすいお金

この記事の対象と結論

個人が持つ自社株を第三者へ売った場合、税金は原則として売却代金から取得費などを引いた利益にかかります。ただし、発行した会社への売却や、廃業後の財産の分配では、課税の扱いが変わることがあります。

廃業を考え、借入の連帯保証も抱えているなら、売却価格だけでは生活に残るお金を判断できません。納税用に残す額と、借入・保証の扱いを分けて確認する必要があります。

自社株の売却代金、税金を計算する利益、自由に使える手取りは、それぞれ別の金額です。 会社が赤字でも、株主個人に税金が生じる場合があります。会社を閉じる判断とあわせて、誰が何を売り、誰に代金が入るのかを整理してください。税率を調べるのは、その区分ができてからです。

自社株の利益と税金は「誰に売るか」で変わる

自社株の税金を調べるときは、買い手が第三者か、株式を発行した自分の会社かを先に確かめます。廃業して財産の分配を受ける場合も、第三者への株式売却と同じ計算にはなりません。

第三者への株式売却は、個人の譲渡益を計算する

経営者個人が保有する非上場の自社株を、別の会社や個人へ売る場面を考えます。売り手は株主である経営者です。会社そのものに売却代金が入る取引ではありません。

個人の株式の譲渡益は、給与などと分けて税金を計算します。この扱いを、国税庁は「申告分離課税」と説明しています。出典は国税庁「株式等を譲渡したときの課税」です。

第三者への売却を検討するときは、次の点を分けておきましょう。

• 売る株式を誰が所有しているか
• 買い手は誰か
• 株式の売却代金はいくらか
• 株式の取得費を確認できるか

親族も株式を持っている場合、売却代金の全額が社長に入るとは限りません。株主ごとの持分と、今回売る範囲が出発点です。

ここで扱うのは、経営者個人が自社株を持つ場合です。法人が株主であるケースに、個人の税率をそのままあてはめないでください。契約書の売り手欄と、実際の株主を照合するところから始めます。

発行会社による買い取りには、みなし配当の確認が要る

自分の会社が自社株を買い取る場合、受け取る金銭の一部が配当として扱われることがあります。形式上は株式の売買でも、税務上は配当とみなす部分があるのです。これを「みなし配当」と呼びます。

受取額の全体を第三者への売却と同じ扱いにすると、税額の見込みがずれるおそれがあります。配当として扱う部分と、株式の譲渡収入として扱う部分の区分が必要です。

確認したい内容は、次のとおりです。

• 買い取りの対価と支払日
• 配当として扱う部分の有無
• 株式の譲渡収入にあたる部分
• 会社側で必要になる税務処理

区分に使う金額は、買い取り価格だけでは判断できません。会社側の資料も必要です。契約を決めてから税額を調べると、想定した手取りが残らない場合があります。条件案の段階で、税理士による確認を組み込みましょう。

会社の預金を使う点も見落とせません。買い取り後の給与や仕入れの支払いまで、資金繰りに反映させます。税額だけで判断しないためです。

詳しくは自社株を会社が買い取る税金の内訳と、廃業を考える社長が残せるお金の見方をご覧ください。

廃業して残った財産を受け取る場合も、全額に同じ税率は使わない

会社を閉じ、債務の支払いなどを終えたあとに財産が残る場合があります。株主がその財産を受け取るときも、全額を通常の株式売却益として計算するわけではありません。

国税庁の説明では、残余財産の分配額から、みなし配当とされる部分を除きます。その残額が、株式の譲渡収入とみなされる扱いです。出典は国税庁「株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合」です。

預金残高が、そのまま株主への分配額になるわけでもありません。会社に残る支払いや清算に要する費用を整理してから、分配の見込みを出します。

借入が多い会社では、株主に分配できる財産が残らない可能性もあります。その場合は、分配時の節税より先に、会社の支払能力と保証債務の扱いを確認する場面です。

第三者へ売った自社株の利益は、売却代金から順に計算する

第三者への株式売却では、売却代金から取得費と譲渡費用などを差し引き、課税される利益を求めます。振り込まれる金額に税率を掛けるだけでは、納税額を見誤ることがあります。

税率を掛ける対象は、売却代金から取得費などを引いた利益

基本的な計算の流れは、次のとおりです。

1. 株式の売却代金を確認する
2. 売った株式の取得費を差し引く
3. 税務上認められる譲渡費用を差し引く
4. 残った利益に適用する税率を確認する

取得費は、売った株式を取得するためにかかった金額です。設立時の出資や、その後の株式購入など、取得した経緯に沿って確かめます。会社の現在の純資産額とは別の数字です。

計算の形は「売却代金－取得費－譲渡費用など＝株式の譲渡益」と整理できます。ただし、売却に関係して支払った費用を、すべて差し引けるとは限りません。支出の目的や売却との関係を確認します。

個人の株式譲渡益には、所得税15%と住民税5%が適用されます。平成25年から令和19年までは、所得税額の2.1%にあたる復興特別所得税が加わります。合計の税率は20.315%です。出典は国税庁「株式等を譲渡したときの課税」で、2026年8月15日確認の内容です。

この税率は、第三者への株式売却による個人の利益を考える際の基本です。みなし配当が含まれる取引の受取額全体には、そのまま掛けないでください。

古い株式ほど、取得した経緯をたどれる資料が役立つ

長く経営してきた会社では、設立時の払込資料が手元にないこともあります。途中で親族から株式を取得していれば、その経緯の確認も必要です。

昔の資料がないからといって、検討を止める必要はありません。残っている資料を整理し、どこまで取得費を確認できるかを税理士と検討します。数字の推測は避けましょう。

確認に使う資料の候補は、次のとおりです。

• 設立時の出資を確認できる資料
• 過去の株式売買契約書
• 株式代金を支払った記録
• 株式を引き継いだ経緯が分かる資料
• 現在と過去の株主に関する資料

相続や贈与で取得した株式では、受け取った時点の評価額を、そのまま取得費に使えるとは限りません。取得の経緯によって、確認すべき内容が変わります。

資料が見つからない場合は、その事実を見積もりに残してください。取得費が未確定の段階で出した手取りを、使えるお金として扱わないためです。価格の検討と資料の確認を並行すると、契約直前の修正を減らせます。

仲介報酬の支払いと、税務上の控除は分けて確認する

売却代金から仲介報酬が差し引かれる場合、入金額は契約上の売却価格より少なくなります。一方、課税される利益の計算では、その報酬が譲渡費用にあたるかを確認します。

手取りの計算と税額の計算では、使う数字が異なります。契約書に記載された株価を売却収入として把握し、費用は別欄に置きましょう。入金額だけでは判断できません。

次の情報を並べておくと、確認しやすくなります。

• 株式の売却価格
• 報酬の金額と支払者
• 報酬に含まれる業務
• 税務上の譲渡費用となる範囲
• 報酬精算後の入金予定額

買い手や会社が負担する費用を、株主個人の譲渡費用として差し引いていないかも点検します。同じ取引に関係する支出でも、誰の支出かで扱いが変わるためです。

報酬精算後の入金額から、さらに報酬を引いてしまう誤りにも注意してください。契約価格からの計算と、口座への入金額からの計算を混ぜると起こりがちです。支払済みか未払いかを費用欄に記載すると、二重に引くのを防ぎやすくなります。

会社の赤字・借入・配当は、株主の売却益と切り分ける

会社が赤字でも、株主個人に自社株の譲渡益が生じることはあります。会社の損益と、株主が株式を売って得る利益は、納税者も計算の対象も異なります。

赤字の会社を売ったから、個人の税金もなくなるとは限らない

会社の赤字は、会社の売上や費用などから生じた損失です。個人の株式譲渡益は、株式を取得した金額と売却価格などから求めます。計算の出発点が違うのです。

赤字が続いていても、買い手が事業の価値を評価する場合があります。その結果、取得費などを上回る価格で株式を売れば、個人側に利益が生じる可能性があります。

混同しやすい金額を、次のように分けてください。

債務超過も、個人の税額を直接決める数字ではありません。会社の財務状態が厳しいことと、株式売却で個人に利益が出るかは、分けて確認します。

反対に、株式を売って損失が出る場合もあります。その扱いは別の確認事項です。会社の赤字や給与所得と自由に差し引ける前提で、手取りを見積もらないようにしましょう。

会社の借入残高を、株式の譲渡益から丸ごと引かない

借入が多いと、株価から借入を引いた残りが自分の利益だと考えがちです。しかし、会社が借りたお金と、株主個人が株式を売って受け取るお金は別です。

株式譲渡では、会社が借入の債務者であり続ける形があります。その場合、会社の借入残高が、そのまま株主の株式譲渡費用になるわけではありません。

先に確認するのは、契約上のお金の流れです。

• 誰が借入の返済義務を負うか
• 売却代金を誰が受け取るか
• 代金から返済に回す合意があるか
• 個人保証をどの条件で整理するか

買い手から示された金額が、株式の価格なのか、借入返済を含む総額なのかも確かめます。「会社を引き継ぐためのお金」という説明だけでは、株主への入金額が分かりません。

売却代金を返済に使った場合も、その支出だけで株式の譲渡益が減ると考えないでください。返済後の現金が少なくても、納税額が残る可能性があります。契約案を基に、税額と資金使途を同時に点検する場面です。

配当で受け取るお金に、株式売却の税率を流用しない

自社株を持つことで受け取る配当と、株式を手放して得る利益は、税務上の区分が異なります。非上場株式の配当は、原則として他の所得と合算する総合課税の対象です。

会社による買い取りや清算で生じるみなし配当も、配当所得としての検討が必要になります。第三者への売却益と同じ税率で済む前提では、手取りを比較できません。

出典は国税庁「配当金を受け取ったとき」と、残余財産の分配等を扱う国税庁の説明です。非上場株式の清算に伴うみなし配当は、総合課税の配当所得として扱われます。

比較を依頼する際は、次の条件をそろえます。

• 受け取る金額と受取人
• 株式を手放す相手
• 受け取る年の他の所得
• 配当として扱う金額
• 支払い時に差し引かれる税金

支払い時に税金が差し引かれても、それだけで申告や精算が終わるとは限りません。振込額だけを見ず、税額の内訳まで確認してください。

詳しくは自社株のみなし配当と税金の落とし穴｜会社の買い取り・廃業で変わる課税をご覧ください。

廃業とM&Aは、税率より先に代金の受取人を比べる

株式譲渡では株主に、会社が売り手となる事業譲渡では会社に代金が入ります。廃業との比較では、同じ売却価格でも、経営者個人の手取りが同じにならない点を押さえます。

株式譲渡なら、会社と個人の資金計画を並べる

株式譲渡で社長個人に代金が入っても、会社の運転資金が増えるとは限りません。売却の実行日まで営業を続けるなら、その間の給与や仕入れ代金を別に用意する必要があります。

税金を計算する表とは別に、会社の資金繰り表も使います。個人の手取りが見えていても、会社の支払いが先に行き詰まる場合があるからです。予定した条件で売れるかにも影響します。

比較する項目は、次のとおりです。

• 株主への代金の入金日
• 会社の支払いが集中する日
• 買い手による資金支援の有無
• 支援を受ける場合の実行条件
• 個人の納税資金を確保する時期

買い手が資金を入れる予定でも、口頭の説明だけで資金繰りに織り込まないようにします。金額と時期が、契約条件として確認できるかを確かめましょう。

従業員や取引先への影響を抑えたいなら、株価とあわせて引き継ぎの条件も検討します。営業を続ける資金が足りなければ、守りたい雇用や取引に影響が出かねません。家族の生活費と会社の運転資金を、同じ入金に頼る計画にも注意が要ります。

事業譲渡の代金は、会社から個人へ自動では移らない

事業譲渡は、会社が事業や資産を買い手へ譲る取引です。会社が受け取った代金は、会社の支払いに使う資金になります。株主個人が代金を直接受け取る株式譲渡とは、お金の流れが異なります。

資産の譲渡による利益は、原則として他の所得と合わせて法人の所得を構成します。会社側の税額を計算したうえで、残る資金の使い道を考える順序です。

手取りを検討するときは、次の段階を分けます。

1. 会社が受け取る譲渡代金を整理する
2. 会社側の税金と支払いを見積もる
3. 会社に残る資金を確認する
4. 個人へ支払う根拠と税務を確認する

会社の口座に残ったお金を、社長が生活費として自由に移してよいわけではありません。配当や清算後の分配など、支払いの理由に応じた検討が必要です。

また、株式の譲渡は消費税の非課税取引とされています。事業譲渡では、譲る資産ごとの確認が必要です。非課税取引の一般原則をあてはめると、土地や有価証券の譲渡は非課税となります。

出典は国税庁「非課税となる取引」です。事業全体の価格だけで税額を出さず、譲渡対象の内訳を税務確認に渡してください。

廃業の比較表には、納税後の残額と保証の結末を置く

廃業とM&Aを比べる際は、税率の低さだけで決めないほうが、資金不足を見つけやすくなります。会社と個人に何が残るかを、同じ条件で比較してください。

廃業では、資産の処分や契約の終了に伴う支払いが生じます。M&Aでも、引き継ぎまでの運転資金や専門家への報酬を見込む必要があります。

見積もりには、確定している金額と未確定の金額を分けて記載します。未確定の費用を空欄にすると、負担がないように見えてしまいます。「確認中」と残してください。

株価が高い案でも、個人に返済負担が残るなら、生活に使える資金は小さくなりえます。反対に、価格だけでは評価しきれない引き継ぎ条件もあります。保証の扱いや雇用の継続まで含めて比べるためです。

詳しくは自社株がいくらで売れるかを知るための価格と手取り、廃業時の連帯保証の見方をご覧ください。

納税資金と連帯保証を残したまま、売却代金を使い切らない

株式を売ったあとの資金不足を避けるため、納税資金を取り分け、保証の扱いを別に確認します。株式を手放すことと、経営者保証が解除されることは、別の確認事項です。

手取りは「入金額」と「使える額」に分けておく

売却時の振込額が分かっても、その全額を生活に回せるとは限りません。あとから納める税金や、契約に基づく支払いがあれば、その分を残す必要があります。

資金の表には、入金予定額に加えて使途も記載します。税額が概算の段階では、未確定の理由も添えてください。取得費の確認待ちなのか、費用の扱いが未定なのかで、次の作業が変わります。

整理する欄は、次の内容です。

• 契約上の売却代金
• 精算される報酬や費用
• 実際の入金予定額
• 納税用に残す予定額
• 契約上必要な支払い
• 生活へ回せる見込み額

会社への貸付金の返済を同時に受ける場合も、株式の代金と混ぜないようにします。受け取る理由が違えば、税額を調べる際の確認内容も変わるためです。

支払い先への送金予定まで書くと、同じ入金を重複して使う計画に気づきやすくなります。家族に伝える生活費の見通しも、この表の残額を基準にしてください。契約書に書かれた売却価格だけを伝えると、使える額とのずれが生じます。

保証解除は、買い手の約束と金融機関の同意を区別する

買い手が保証を引き継ぐと説明していても、その約束だけで金融機関に対する保証が外れるわけではありません。保証の解除には、金融機関の同意が前提となります。

契約上の約束と、金融機関で必要になる手続きを分けて確認してください。代表者を退任したことや、株主でなくなったことだけで、保証も終わったと判断するのは避けます。

確認事項は、次のとおりです。

• 保証が付いている借入の範囲
• 解除に必要な条件と手続き
• 金融機関の同意の状況
• 解除を確認できる書面
• 予定どおり進まない場合の対応

金融機関との協議は、経営者ご本人が主体となります。必要に応じて依頼する弁護士等の専門家が、法的な対応を担います。仲介担当者の説明に加え、実際の借入と保証契約に照らした確認が必要です。

税引き後の手取りが見えていても、保証債務が残れば、将来の資金負担は未確定です。廃業後の暮らしを考える際は、残る現金と残る責任を並べておきましょう。

税金を払えそうにない場合は、猶予の要件と資金不足を照合する

納税資金が足りない見込みなら、契約を決める段階で不足額を把握します。売却代金を返済に使った事情だけで、納付期限が延びるわけではありません。

国税通則法第46条第2項には、事業の廃止・休止や著しい損失などの要件があります。核心となるのは「一時に納付することができないと認められるとき」という条件です。該当する事情に基づき、納税者が申請する仕組みを、納税の猶予と呼びます。

同項による納税の猶予は、納付できないと認められる金額を限度とし、期間は1年以内です。出典は国税通則法第46条第2項で、2026年8月19日に条文確認済みの内容です。

別に、申請による換価の猶予もあります。国税徴収法第151条の2は「その事業の継続又はその生活の維持を困難にするおそれ」を要件の一部としています。納税について誠実な意思があると認められることも条件です。

申請による換価の猶予は、納期限から6月以内の申請が対象です。認められる期間は1年以内とされています。出典は国税徴収法第151条の2で、2026年8月19日に条文確認済みの内容です。納税の猶予とは、要件や申請期限が異なります。

適用を考える際は、次の点を確かめます。

• 税金を負担するのが会社か個人か
• 対象となる税金と納期限
• 一時に払えない理由
• 保有財産と今後の収入
• 申請要件と必要書類

会社の廃業を理由に、株主個人の税金も猶予されると決めつけないでください。猶予は税金がなくなる仕組みでもありません。適用の可否を税理士が確認できるよう、個人側の資金不足も資料に反映させます。

相談には税額の答えより、取引の条件と手元の資料を持っていく

相談時に税金を自分で計算し終える必要はありません。株式の持ち主、譲り方、借入と保証の状況が分かれば、確認すべき順番を整理しやすくなります。

資料は、株式・会社・個人の負担に分ける

資料をまとめるときは、税額の計算に使うものと、廃業・再生の判断に使うものを分けます。全部がそろってから相談しようとすると、条件の確認が遅れがちです。

手元にある範囲で、次の資料を用意してください。

• 株主と保有株式が分かる資料
• 株式を取得した際の資料
• 買い手から提示された条件
• 直近の決算書と試算表
• 会社の資金繰り表
• 借入と保証契約が分かる資料

不足している資料は、一覧に書くだけでも構いません。紛失したものと、まだ取り寄せていないものを分けると、次に調べる作業が決まります。

あわせて、いつまで営業を続けられそうかを伝えましょう。納税額の精査に使える時間と、事業の引き継ぎに使える時間が一致するとは限りません。支払いの予定が迫っている場合は、その日付を先に共有してください。

家族に残せるお金が不安なら、その点も相談の入口にできます。廃業するか迷う段階で相談する経営者は珍しくありません。結論が出ていなくても構いません。比較のための整理から始められます。

税理士・弁護士・M&A仲介の担当範囲をそろえる

自社株の税金と経営者保証は、同じ取引に関係していても、担当する仕事が異なります。相談の担当者には、誰が何を確認するのかを明示してもらいましょう。

依頼範囲を決める際は、自社株の税務と、借入が残る会社の出口をつなげて検討できるかを確かめます。税額だけが分かっても、支払いの予定と合わなければ資金計画は完成しません。

具体的には、次の質問が役立ちます。

• 税額はどの取引条件で試算するか
• 保証の整理は誰が担当するか
• 会社と個人の資金表を分けるか
• 未確定の費用をどう表示するか
• 成約しない場合の負担は何か

状況によっては法的整理が適切な場合もあります。弁護士から法的整理の助言を受けている場合は、その理由や期限も踏まえて判断します。M&Aを検討するために、必要な対応を先延ばしにしないようにしてください。

前提が違うままでは、各担当者の見積もりも比較できません。同じ条件案を共有し、金額や日程を更新した際も関係者に伝えると、認識のずれを減らせます。

あさひ国際会計は、資料整備とM&Aの条件設計で後方支援する

あさひ国際会計株式会社は、再生型M&Aの仲介を扱っています。廃業を考える段階でも、事業を引き継ぐ可能性と、連帯保証の解除を見据えた条件を整理します。

当社の役割は、経営者ご本人の判断と協議を支える後方支援です。金融機関との協議に必要な資料を整え、事業価値の説明資料を作成します。あわせて、M&Aの条件設計をおこないます。協議の主体は経営者ご本人と、必要に応じて依頼する弁護士等の専門家です。

相談時には、次の内容をお伝えください。

• 廃業を考え始めた理由
• 直近の支払いと資金の見込み
• 借入と個人保証の状況
• 自社株の売却について受けた提案
• 家族や従業員についての希望

相談は無料で、着手金はありません。成功報酬は成約時に譲渡代金の中から精算します。そのため、当社報酬について売り手の手元からの持ち出しは0円です。自社の費用条件として、2026年8月に確認された内容です。

税金や、別途依頼する専門家の費用まで無料になる意味ではありません。報酬額と税金を引いた残額は、提示条件に沿って確認します。

手元資金が乏しい場合も、その状況を先に伝えてください。譲渡代金で精算する費用と、それ以外に用意する資金を分けて検討できます。譲渡が成立しない場合の扱いも、依頼前に確認しましょう。

他社で断られた案件も、ご相談を承っています。ただし、状況によっては法的整理が適切な場合もあります。事業を引き継ぐ見込みと、残された資金・時間を照合して検討します。

よくある質問

自社株を売ったら、受け取る代金の全額に税金がかかりますか？

第三者への株式売却では、原則として売却代金から取得費や譲渡費用などを引いた利益に課税されます。売却代金の全額が、そのまま利益になるとは限りません。会社による買い取りや清算後の分配では、みなし配当の確認も必要です。売却先とお金を受け取る理由を明らかにして、税額を試算します。

債務超過の会社でも、自社株を売った利益に税金がかかりますか？

債務超過の会社でも、株主個人に譲渡益が生じれば課税の対象になりえます。会社の純資産と、株主の株式取得費は別の数字だからです。買い手が事業を評価し、取得費などを上回る金額で株式を買う場合もあります。会社の決算書だけでは、株主個人の納税額は決まりません。

売却代金を借入返済に使えば、株式の利益は減りますか？

借入返済に使ったという理由だけで、株式の譲渡益が減るわけではありません。税金の計算と、入金後の資金使途を分けて確認してください。会社の借入を個人の売却代金から返す条件では、返済後に納税資金が足りなくなる可能性があります。契約前に、返済額と税額を並べておく必要があります。

税金を試算すれば、廃業後に残るお金も分かりますか？

税額だけでは、生活に回せる残額までは分かりません。仲介報酬などの費用に加え、借入返済に回す資金や個人保証の扱いを確認する必要があります。事業譲渡では、代金が会社に入る点にも注意してください。個人への入金額と、会社に残る資金を別々に示すと、暮らしの見通しを立てやすくなります。

まとめ

自社株の取得資料と、借入・保証が分かる資料を手元に集め、想定している売却先を添えて無料相談へお寄せください。廃業と譲渡で迷っている段階から、税金を引いた手取りと、残る負担を分けて整理しましょう。

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この記事を書いた人

あさひ国際会計株式会社 代表取締役 金子広夢
東京都中央区日本橋兜町17番2号 兜町第6葉山ビル4階／中小企業庁 M&A支援機関登録制度 登録支援機関
連帯保証の解除を見据えた再生型M&Aを専門に、年間60件以上のM&A仲介の成約実績があります。
他社で断られた案件のご相談も承っています。ご相談は無料です。

無料相談はこちら　／　お急ぎの方はお電話でも承ります 03-5657-7496

状況によっては法的整理が適切な場合もあります。会社の資金と債務の状況を踏まえて、選択肢を検討します。

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最終更新日: 2026年9月22日