廃業とM&Aの税金で手取りは変わる、会社と個人に残るお金を分けて試算

この記事の対象と結論

廃業とM&Aの税金は、誰が代金を受け取るかで変わります。借入と連帯保証が残る会社では、税率の低さだけで選ぶと、返済や納税のお金が足りなくなるおそれがあります。

会社をたたみたい。でも、税金まで払えるのか。そんな不安があるときは、会社と経営者個人のお金を分け、税金と残る支払いを差し引いて比べてください。 株式譲渡の代金は株主へ、事業譲渡の代金は会社へ入るのが基本です。

廃業を考えて相談する経営者は珍しくありません。従業員や家族への影響が気になるなら、営業を止める判断と並行して、事業を譲る余地も確かめられます。税額の試算と連帯保証の解除条件をそろえ、実行できる出口を検討する段階です。

廃業とM&Aの税金は、代金を受け取る人から整理する

廃業とM&Aを比べる入口は、個人の株式譲渡、会社の事業譲渡、解散後の清算です。同じ「会社を手放す」という希望でも、お金の行き先と課税の場面が異なります。

株式を売る場合は、株主個人の税金を計算する

経営者個人が自社株を売る場合、代金を受け取るのは株主です。会社の預金が増える取引とは区別して考えます。

株主が交代しても、借入のある会社自体は存続します。会社の借入返済と、経営者が受け取る株式代金は別の流れです。買い手が示す「譲渡価格」がどちらのお金を指すか、最初にそろえてください。

税金も個人側で計算します。対象になるのは、取得費などを差し引いた株式の譲渡益です。売却額の全額に税率をかける計算ではありません。

会社に滞納税金があれば、その負担は買い手の判断にも影響します。個人の税額だけを計算しても、取引全体の見通しは立ちません。会社に残る支払いを開示したうえで、価格や引き継ぎ条件を詰めることになります。

事業を売る場合は、会社が代金を受け取る

会社が事業や資産を売る場合、売り手は会社です。入金された代金も会社のお金として管理します。

引退のための売却であっても、そのまま経営者の生活費にはできません。会社から個人へ支払うには、支払いの根拠と税務上の扱いを確認することになります。

事業譲渡後に会社をたたむなら、売却時だけの計算では足りません。会社に残る債務を整理し、清算を終えるまでの支出も見込みます。

• 事業譲渡で会社が受け取る代金
• 譲渡に伴って会社が負担する税金
• 会社に残る借入や未払い
• 清算を終えるための費用

経営者が知りたいのは、売値だけではないはずです。「会社の整理を終えたあと、自分に何が残るか」までつないで試算してください。

清算では、会社と株主の課税を分けて見る

会社を解散して清算する場合は、資産の処分や債務の支払いを進めます。そのうえで財産が残り、株主へ分配されるなら、株主側の課税も検討対象です。

会社が資産を売る場面と、株主が財産を受け取る場面は分かれます。会社側で税金を払ったから、株主側では課税されないと考えるのは早計です。

ただし、債務超過の会社では、分配できる財産が残るかが先の問題です。帳簿上の資産を換金しても、借入や未払いに届かない場合があります。そうした状態では、清算分配の税率より、債務をどう整理するかが判断の中心になります。

個人の株式譲渡では、売却額と課税される利益を分ける

経営者個人の株式譲渡では、原則として取得費や譲渡費用を差し引いた利益を計算します。税引後の手取りを出すには、売却価格に加えて、株式取得時の資料と費用負担の確認が欠かせません。

株式の譲渡益に適用される税率

個人が株式等を譲渡した利益は、他の所得と分けて税額を計算します。この仕組みを申告分離課税と呼びます。

国税庁によると、所得税と住民税の合計税率は20%です。平成25年から令和19年までは復興特別所得税も加わり、合計20.315%となります。対象は個人の株式等の譲渡益です。国税庁「株式等を譲渡したときの課税」

この税率を、会社の事業譲渡益や清算分配の全額へ使うことはできません。法人が株式を売る場合も、個人の計算とは分けます。

「税引後の金額」と書かれた試算を受け取ったときは、対象を確かめてください。株主個人の税金だけを引いた金額なのか。会社の未払いも含めて整理した金額なのか。その違いで、手元に残るお金の受け止め方が変わります。

取得費は記憶ではなく資料から確かめる

株式の取得費が曖昧なままだと、譲渡益の試算もぶれます。創業時から持っている株式でも、現在の資本金だけで自分の取得費を決めるのは避けてください。

まず探したいのは、次の資料です。

• 株式取得時の契約書
• 出資や購入の支払い記録
• 株式の保有状況が分かる資料
• 譲渡費用の契約書や見積書

見つからない資料があっても、相談を止める理由にはなりません。何を確認できて、何が不明かを分けて伝えれば、追加確認の範囲を絞れます。

名義と実際の持ち主にずれがある場合は、その点も先に整理します。売却する人が定まらなければ、誰の所得として計算するかにも関わるためです。代金を受け取る口座だけで持ち主を決めないようにしてください。

取得費の裏付けが取れた時点で、税額の試算を更新します。最初の概算を、そのまま契約時の手取りと考えないことです。

仲介報酬は、負担する人と取引の対応を見る

株式を売るために支出した費用でも、扱いは内容によって変わります。誰が支払い、どの取引のために発生した費用かを確認してください。

会社が負担した費用を、経営者個人の譲渡益からそのまま引けるとは考えないようにします。会社と個人で費用を混ぜると、税額の試算と実際の資金負担がずれるおそれがあります。

確認する項目は次のとおりです。

• 報酬契約の当事者
• 請求を受ける人や会社
• 実際に費用を支払う人
• 税額計算での費用の扱い

支払うお金と、税務上差し引ける金額は分けて管理します。手取りの計算では支出として見込んでも、税額計算で同じ扱いになるとは限りません。個別の判断は税理士の確認につなげます。

追加負担と連帯保証まで含めて手取りを読む

売却代金から税金と報酬を引いても、その全額を生活資金にできるとは限りません。契約条件によって、経営者側に別の支払いが残る場合があるためです。

比較表には、受取額だけでなく負担額も置きます。

• 株式代金として受け取る金額
• 個人が負担する税金と費用
• 契約に伴う追加の支払い
• 退任後にも残る保証の条件

不明な欄は「未確認」と書いてください。空欄のままでは、負担がないものとして読み違えやすくなります。

手取りが残ることと、連帯保証から離れられることは別です。 保証が続けば、退任後の生活設計にも影響します。税額が低い案でも、保証の扱いが曖昧なら、そのまま選ぶのは避けたいところです。

詳しくは廃業とM&Aを比較する判断表をご覧ください。

事業譲渡では、法人税と消費税の分を残して返済額を考える

会社の事業譲渡では、資産の売却による所得への課税と、取引内容に応じた消費税を検討します。受け取る代金の総額を、そのまま借入返済に使える額として約束しないことです。

資産の譲渡益は会社の所得に関わる

事業譲渡による資産の売却収益は、法人税の所得計算に関係します。法人税法の益金算入の一般原則に沿い、帳簿価額や費用も踏まえて譲渡損益を確認します。

営業が赤字でも、資産売却で利益が生じる場合があります。赤字という言葉だけでは、売却時の税負担は分かりません。

たとえば、帳簿価額が小さくなった資産に買値が付く場面です。現金が入る一方で、税務上の利益が生じる可能性もあります。反対に、売却額が大きくても、帳簿価額や費用によって所得は変わります。

税理士へ渡す資料では、対象資産と金額を対応させてください。

• 譲渡する資産の一覧
• 資産ごとの帳簿価額
• 資産ごとの譲渡対価
• 譲渡にかかる費用

適用税率は法人の条件や対象年度により確認します。法人税率だけで会社の税負担全体を見積もるのも避けたいところです。国税庁「法人税の税率」

消費税は、譲渡対象と価格の内訳から確認する

事業をまとめて売る場合でも、消費税を総額だけで判断しないようにします。何を譲るかによって、税務上の区分が変わるためです。

国税庁は、土地や有価証券等の譲渡を非課税取引としています。この一般原則を事業譲渡に当てはめると、対象ごとの内訳を確認することになります。国税庁「非課税となる取引」

提示価格が税込みか税抜きかも、早い段階でそろえます。同じ総額を見ていても、売り手と買い手で認識が違えば、契約直前に資金計画が崩れかねません。

• 譲渡する資産や権利の内訳
• 対象ごとに割り振る価格
• 消費税を含む価格かどうか
• 売り手の課税関係と申告内容

契約上受け取る消費税相当額と、最終的な納付額も同じとは限りません。売り手会社の状況を踏まえて試算し、納税に回すお金を見込んでください。

過去の赤字と今回の納税額を直結させない

赤字は一定期間の損益、債務超過は資産と負債の関係を表します。どちらも、今回の売却にかかる税額そのものではありません。

過去の損失を税務上どう扱えるかは、申告内容を確認して判断します。決算書の赤字額を見て、今回の譲渡益から同額を差し引けると決めるのは避けてください。

試算では、根拠が確認できた額と確認中の額を分けます。税額がまだ固まらないなら、未確定であることを返済案にも反映させるべきです。

この表は資金の不足を見るためのものです。債権者への支払い順を決める表ではありません。支払えない債務がある場合は、法的な扱いを確認してから資金を動かします。

売却後に残る会社の支出まで見積もる

事業が買い手へ移っても、売り手会社の整理は続く場合があります。残った契約や債務にどれほどお金がかかるか、譲渡前から確認してください。

撤退費用は、引き継ぐ範囲で変わります。店舗や設備を買い手が使うなら、処分費用の見込みが変わることもあります。一方、売り手側に残る契約は、終了までの負担を別に計算します。

従業員への対応も資金計画の一部です。雇用の引き継ぎを予定しているなら、対象者や条件を曖昧にしないようにします。仕事が残るという説明と、実際の契約条件をそろえるためです。

売却代金を使い切ると、会社を整理するための資金が残らないおそれがあります。経営者個人への支払いを考える場合も、会社側の整理費用と分けて検討してください。

廃業の税金は、資産処分・財産分配・登記を分けて見積もる

廃業費用には、登記にかかる税金のほか、資産処分や株主への分配に伴う税金が関わります。会社を閉じるための費用と、会社がすでに負っている支払いも分けて計算します。

解散しても資産の処分と税務の確認は続く

株式会社が株主総会の決議で解散する場合、解散後は清算に進みます。営業をやめた日や解散を決めた日に、支払いの整理まで終わるわけではありません。

清算では、売掛金の回収や資産の換金を進めます。売れると考えていた設備に買値が付かない場合もあれば、予定より回収が遅れる場合もあります。帳簿の数字をそのまま入金予定にしないでください。

確認する資料は、次のように分けると整理しやすくなります。

• 回収予定の債権と入金見込み
• 売却予定の資産と処分見込み
• 未払いの債務と納税予定
• 清算中に発生する費用

債権者への公告や個別の催告も、清算手続きに含まれます。解散の登記だけで終える計画にはできません。会社法

最後の支出が見えるまでは、預金残高を余剰資金と決めないことです。税額の確認と清算の資金計画を同時に進めます。

株主へ残余財産を分けると、みなし配当が関わる

解散後に残った財産を株主へ分配すると、その一部が配当として扱われる場合があります。この部分が、みなし配当です。

国税庁の説明では、分配額からみなし配当部分を除いた額が、株式等の譲渡所得等の収入金額とみなされます。受取額の全額を株式売却の利益として計算する扱いとは異なります。国税庁「株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合」

非上場株式の清算に伴うみなし配当は、総合課税の配当所得として扱われます。株主個人の他の所得も踏まえて、税負担を確認します。国税庁「配当金を受け取ったとき」

• 株主へ分配する財産の額
• みなし配当に当たる部分
• 株式の譲渡収入とみなす部分
• 株主側の申告と納税の見込み

分配額から資本金を引くだけの自己計算は避けてください。会社と株主の資料を合わせて、税理士が区分を確認する場面です。

登録免許税だけで廃業費用を判断しない

株式会社の登記にかかる登録免許税には法定額があります。解散は3万円、清算人等の登記は9千円、清算結了は2千円です。合計は4万1千円となります。登録免許税法別表第一第24号による各申請の金額で、2026年7月23日時点の確認内容です。登録免許税法

ただし、廃業の総額ではありません。官報公告の実費や、依頼する専門家の報酬は別途かかります。資産の処分や契約終了の支出も、会社ごとに異なります。

見積もりでは、次を分けてください。

• 登記にかかる税金と報酬
• 公告や清算事務の費用
• 店舗や事務所の契約終了費用
• 資産処分と納税に関わる支出

一律の費用幅では、借入のある会社の出口を判断しにくいものです。契約を引き継ぐ場合と終了する場合など、条件ごとに見積もりを出します。未確認の項目は金額なしと扱わず、見積取得待ちと記載してください。

債務を払えないなら、通常の清算だけで進めない

資産を処分しても借入や税金を払えない場合、登記の手配だけでは問題が残ります。会社の債務と個人の連帯保証について、整理の方針を検討する段階です。

状況によっては法的整理が適切な場合もあります。事業が売れる可能性があっても、その代金で残る支払いをどこまで賄えるかは別の確認になります。

費用を用意できないときも、放置で負担が解消するわけではありません。自己破産では弁護士費用や裁判所への費用を用意することになります。資金が不足する事情を早い段階で共有し、手続きに使える資産と費用の見積もりを確認します。

特定の相手への返済や、個人への資産移転を独断で進めないでください。税金以外の問題も生じ得ます。資産処分や支払いの可否は、弁護士による法的確認と合わせて検討します。

税金を払えない場合は、滞納分と譲渡後の税額を切り分ける

廃業やM&Aを予定していても、納税資金の不足への対応は残ります。すでに納期限を過ぎた税金と、譲渡で発生する見込み税額を分けると、急ぐべき確認が見えてきます。

納期限と通知の内容を一覧にする

未納の税金があるなら、税目ごとに金額と期限を整理します。会社の税金と経営者個人の税金も、同じ欄に混ぜないようにしてください。

• すでに納期限を過ぎた税金
• これから納期限が来る税金
• 譲渡に伴う見込み税額
• 督促や差押えに関する通知

通知は金額だけでなく、記載された期限も確認します。譲渡代金が入る予定でも、入金前に対応を要することがあるためです。

買い手への説明にも反映させます。滞納を伏せて価格だけを詰めると、後から条件の見直しにつながりかねません。未納額が分からない段階では、その事実を明示して調査を進めてください。

詳しくは税金滞納から差し押さえまでのタイミングをご覧ください。

廃業を理由に納税の猶予を検討できる場合

国税通則法は、猶予の対象となり得る事情を定めています。その一つが「納税者がその事業を廃止し、又は休止したこと」です。

ただし、廃業したという事実だけで適用される仕組みではありません。その事情に基づき、国税を一時に納付できないと認められることが前提です。

納付できないと認められる金額を限度に、申請によって猶予を受ける仕組みです。期間は1年以内とされています。出典は国税通則法第46条第2項で、2026年8月19日に条文が確認された内容です。国税通則法

猶予を受けても、税金そのものがなくなるわけではありません。いつ、どの資金から納付するかを資金計画に残します。適用が決まる前から、猶予を前提に借入返済額を約束しないようにしてください。

換価の猶予は、申請期限も含めて確認する

国税をまとめて納付すると、事業や生活の維持が難しくなる場合があります。国税徴収法は「その事業の継続又はその生活の維持を困難にするおそれ」を要件の一部にしています。

納税について誠実な意思があると認められることなども条件です。申請による換価の猶予は、滞納処分による財産の換価を猶予する仕組みで、納税の猶予とは区別します。

申請期限は対象の国税の納期限から6月以内、猶予期間は1年以内です。出典は国税徴収法第151条の2で、2026年8月19日の条文確認によります。財産目録などの添付書類も確認します。国税徴収法

「売却まで待ってもらえるだろう」という見込みだけで進めないでください。申請準備とM&Aの検討は、別の日程で動きます。税理士が判断に使えるよう、通知と資金繰りの資料をそろえます。

税引後の残額と保証の条件をそろえて出口を選ぶ

廃業とM&Aの判断には、会社と個人の残額、実行までの資金、連帯保証の扱いを並べます。最終的にお金が残る案でも、途中の支払いに間に合わなければ実行を見直すことになります。

入金日と支払日を重ねて資金不足を探す

税額を試算したら、入出金の時期も置いてください。総額だけでは見えない不足があるためです。

1. 会社と個人の預金を分けて記載する。
2. 譲渡代金などの入金予定日を置く。
3. 納税と諸費用の支払予定日を置く。
4. 不足する時期と金額を確認する。

廃業案では、資産の処分価格や売掛金の回収見込みを慎重に扱います。まだ買い手がいない設備は、売却予定額をそのまま使える資金に数えないようにします。

M&A案では、代金の後払い条件にも目を向けてください。契約総額が同じでも、実行日に受け取れる額で資金繰りは変わります。

価格や日程に変更があれば、税額と残額も更新します。契約だけが新しくなり、手取りの試算が古いままになることを防ぐためです。

買い手の約束と、金融機関の保証解除を分ける

譲渡契約を結んでも、それだけで金融機関との保証契約が消えるとは限りません。解除には金融機関の同意を踏まえた確認が伴います。

買い手が保証解除に協力すると約束することと、解除が完了することは別です。税金を引いた受取額だけで、退任後の負担を判断しないでください。

契約に進む際は、次を確かめます。

• 保証が付いている借入の範囲
• 解除に向けた条件と手続き
• 完了を確認する書面
• 予定どおり進まない場合の扱い

事業譲渡を選ぶ場合も、売り手会社に残る借入と保証の整理は別途検討します。事業の引き継ぎ先が見つかっただけで、保証まで整理できたとは考えないことです。

詳しくは中小M&Aガイドライン第3版で確かめる保証と買い手の条件をご覧ください。

税務・法務・M&Aで同じ条件表を使う

税額計算と申告は税理士、法的な債務整理は弁護士が扱う領域です。登記を依頼する場合は司法書士、M&Aの条件整理は仲介者などが関わります。

担当者に伝える売却価格や実行日が違えば、試算もかみ合いません。共通の条件表を用意し、変更した箇所をそろえて伝えてください。

依頼内容を決める際は、次を確認します。

• 担当する作業と対象の範囲
• 試算に使う価格と日程
• 報酬額と支払いの時期
• 条件変更時に確認する担当者

あさひ国際会計株式会社は、再生型M&Aの仲介を担います。金融機関向けの資料整備や、事業価値の説明資料を作成します。連帯保証の解除を見据えた条件設計も役割の一つです。

金融機関との協議の主体は経営者ご本人です。必要に応じて依頼する弁護士等の専門家が関わります。当社は資料作成や条件整理による後方支援を担い、個別の税務判断は税理士の確認につなげます。

仲介報酬の精算方法と、納税資金を分けて確認する

あさひ国際会計株式会社への相談は無料です。仲介報酬は成功報酬のみで、着手金はありません。

報酬は成約時に譲渡代金の中から精算するため、売り手の手元資金からの持ち出しは0円です。当社の仲介報酬についての精算方法であり、税金や他の専門家費用まで不要になる説明ではありません。

譲渡代金から差し引く報酬も、手取りの試算には入れます。契約前に報酬額と精算内容を確認し、残額から納税資金を賄えるかを見てください。

資金がないときも、その事情を伏せずに伝えられます。納税資金が不足するのか、譲渡までの運転資金が不足するのかで、検討内容が変わるためです。

資料がそろっていなくても、分かる範囲から相談できます。買い手が見つかるかという検討と、成立しない場合の支払いへの備えを並行して進めます。

よくある質問

廃業とM&Aでは、税金が安いほうを選べばよいですか？

税金だけで選ぶと、借入返済や清算費用を払えない案になるおそれがあります。会社と個人の税引後残額に加え、支払期限まで資金がつながるかを比べてください。連帯保証の扱いと、雇用や取引を引き継ぐ条件も判断に含めます。

株式を売った代金の全額に税金がかかりますか？

個人の株式譲渡では、原則として取得費や譲渡費用を差し引いた利益が課税の対象です。売却額の全額を利益と扱う計算ではありません。取得費が不明なら、取得時の契約書や支払い記録を確認し、税額の試算に使う前提を整えます。

赤字会社を売る場合でも納税資金を残しますか？

赤字という理由だけで、税金が出ないとは判断できません。個人の株式譲渡なら個人の譲渡益、会社の事業譲渡なら会社の所得を確認します。事業譲渡では消費税の検討も伴います。申告内容を踏まえて試算し、税額が未確定のまま代金を使い切らない計画にします。

譲渡代金を全部返済に使い、税金をあとで考えてもよいですか？

納税資金が不足するおそれがあるため、返済額を約束する段階で税金も見積もってください。すでにある滞納と、譲渡に伴う税金は別に管理します。猶予制度には要件があり、利用できる見込みだけで代金を使い切る計画は避けます。

まとめ

廃業案とM&A案について、会社と個人それぞれの入金、税金、残る支払いを分けて書き出してください。その資料に連帯保証の状況を添え、無料相談で事業を譲る余地と資金不足を整理するところから進められます。

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この記事を書いた人

あさひ国際会計株式会社 代表取締役 金子広夢
東京都中央区日本橋兜町17番2号 兜町第6葉山ビル4階／中小企業庁 M&A支援機関登録制度 登録支援機関
連帯保証の解除を見据えた再生型M&Aを専門に、年間60件以上のM&A仲介の成約実績があります。
他社で断られた案件のご相談も承っています。ご相談は無料です。

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最終更新日: 2026年9月19日

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