自社株売却の税金と手取りを分ける計算帳、廃業時に見落とせない借入と保証

この記事の対象と結論

個人の経営者が自社株を第三者に売却する場合、原則として売却益に20.315％の税金がかかります。売却代金の全額にかかる税率ではありません。国税庁の公表内容による扱いです（2026年8月確認）。国税庁「株式等を譲渡したときの課税」

借入の連帯保証を抱え、廃業を考えているなら、税金と保証を並べて確認してください。株の代金が入っても、会社の返済や保証の問題まで片づくとは限りません。

税額、入金後に使えるお金、連帯保証の残り方は、別々に確認します。 発行会社に買い取ってもらう場合や、清算で財産を受け取る場合は課税も変わります。税率だけで出口を決めず、誰にお金が入り、何の負担が残るかから比べてください。

自社株の売却益にかかる税金と、計算から引けるお金

第三者への自社株売却では、売却代金から取得費と譲渡にかかった費用を差し引いて利益を計算します。会社の赤字や借入残高から、社長個人の税金が直接決まるわけではありません。

税率を掛けるのは費用を引いた後の利益

給与などの所得と分けて、株式の売却益の税金を計算する仕組みがあります。申告分離課税という扱いです。非上場の自社株を個人が第三者に売る場合も、原則として対象になります。

計算の出発点は、次の式です。

> 売却益＝株式の売却代金－取得費－譲渡費用

株式等の譲渡益の税率は、所得税15％と住民税5％です。平成25年から令和19年までは、所得税額に復興特別所得税2.1％が加わります。合計は20.315％。対象期間と税率は国税庁の公表内容によります（2026年8月確認）。国税庁「株式等を譲渡したときの課税」

契約書の価格だけでは、税額を出せません。取得費を確認できる資料と、売却に伴う費用の内訳をそろえます。税率を掛ける前の利益が違えば、残しておく納税資金も変わるためです。

取得費は「会社に入れたお金」の全額ではない

取得費の中心になるのは、売却する株式を取得するために支払った金額です。創業時に出資した株式と、後から買い足した株式では、確認する資料が異なります。

会社へ貸したお金は別です。資金繰りを助けるための貸付を、そのまま株式の取得費に足す扱いにはしません。出資と貸付を分け、どの株式をどのように取得したかをたどります。

手元にあれば、次の資料を用意してください。

• 設立時の出資を確認できる資料
• 株式を取得した際の契約書
• 増資の払込記録
• 過去の株式の移動が分かる資料

相続や贈与で受け取った株式は、その経緯も伝えます。自分が代金を払っていないことだけで、取得費を決めないでください。記憶にある金額と、資料で確認できた金額を分けておくと、税務確認を進めやすくなります。

仲介報酬は業務の内容まで確認する

売却のために直接かかった費用は、譲渡費用に該当するかを確認します。仲介報酬も、業務内容と株式売却との関係が判断材料です。請求書の名前だけでは決まりません。

再生系M&Aでは、株式の売却に加えて債務の整理が関係する場合があります。契約に別の業務も含まれるなら、費用を切り分ける検討が必要です。報酬の全額を引ける前提で、手取りを決めないようにします。

確認に使う資料は、次のとおりです。

• 仲介会社との契約書
• 報酬の内訳が分かる見積書
• 請求書と支払記録
• 依頼した業務の内容が分かる資料

現金として払った費用と、税金の計算で引ける費用は、一致しない場合があります。手取りの試算では、実際の支出も漏らせません。税務上の区分を確認しながら、現金の減少額も別に記録してください。

赤字の会社を売っても個人に利益は生じうる

会社が赤字でも、社長個人に株式売却益が生じることはあります。法人の損益と、個人が株式を売った損益は、別の計算だからです。

債務超過でも同じです。会社の資産より負債が多いことだけで、個人の売却益がなくなるとは判断できません。事業の継続に価値を見いだした買い手が、株式取得を検討する余地もあります。

反対に、代金を受け取ったことだけで利益が出たとも決められません。取得費と譲渡費用を差し引いた結果を確かめます。

赤字決算書だけを見て「税金はかからないはず」と予算を組むのは避けたいところです。法人の税務資料と、株主個人の取得資料を分けてください。詳しくは自社株の利益にかかる税金と手取りの計算帳｜廃業・売却で混同しやすいお金をご覧ください。

売却先が変わると、同じ自社株でも税金の扱いが変わる

自社株を第三者へ売る場合と、発行会社に買い取ってもらう場合では、税金の計算が変わることがあります。契約上の買い手と、代金を受け取る人から確認してください。

第三者への株式売却は株主個人の収入になる

経営者個人が保有株式を買い手へ売る場合、代金を受け取るのは株主です。会社が事業を売る取引とは、お金の入り口が違います。

比較するときは、取引の名前と受取人をそろえます。

株式譲渡では、会社自体は存続します。社長個人が受け取る代金と、会社に残る現預金は別管理です。「会社を売った金額」という表現だけでは、受取額の理解がずれるおそれがあります。

提示額が株式代金なのか、会社への資金投入も含むのか。内訳を紙に落としてください。買い手が会社へ入れる運転資金を、社長の生活資金として数えないようにします。

発行会社による買い取りには配当扱いがありうる

自分が経営する会社に株を買い取ってもらう場合、受取額の一部が配当として扱われることがあります。売却の形を取っていても、税務上は配当とみなす部分があるためです。これを、みなし配当と呼びます。

第三者への売却と同じ計算では済まない場合があります。みなし配当部分と、株式の譲渡として扱う部分を分けて確認してください。

非上場株式のみなし配当は、原則として総合課税の配当所得として扱われます。受取額全体に株式譲渡の税率を掛ける計算とは異なります。国税庁「株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合」、国税庁「配当金を受け取ったとき」

会社側の支払能力も確認が必要です。買い取りに使った結果、給与や仕入代金を払えなくなる計画では進められません。税金の比較とあわせて、買い取り後の会社の資金繰りを見積もります。

清算後の財産分配にも課税区分がある

会社を解散して清算する場合、株主が受け取る可能性があるのは残余財産の分配です。会社の預金を、そのまま社長へ移す話ではありません。会社側の債務や費用を整理した後の財産が対象です。

分配額には、みなし配当として扱う部分がありえます。その部分を除いた額が、株式等の譲渡所得等の収入金額とみなされます。国税庁「株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合」

廃業案の試算は、個人へ残る段階まで必要です。会社に資産があっても、返済や清算費用で使う部分があります。資産の帳簿上の金額と、処分して受け取れる現金も区別してください。

分配が見込める場合には、配当と譲渡の区分で税引後の金額も変わります。詳しくは自社株のみなし配当と税金の落とし穴｜会社の買い取り・廃業で変わる課税をご覧ください。

身内に売る場合も価格の根拠を残す

親族や関係する会社に売る場合は、相手との関係を税理士へ伝えてください。価格を安く設定するだけで税負担を抑えられる、と考えて進めるのは避けます。価格の妥当性も、税務上の確認事項になるためです。

確認事項は、次のように整理できます。

• 買い手の正式な名義
• 発行会社による取得かどうか
• 売却価格を算定した根拠
• 当事者の関係と付随する条件

債務超過という理由だけで価格を決めず、事業の状況も含めて説明できる資料を残します。個別の課税判断には、取引全体の確認が必要です。

口頭では「引き継ぎ」と呼んでいても、契約には別の支払いが含まれる場合があります。呼び方だけでは判断できません。誰が何を渡し、その対価として何を受け取るのかをそろえてください。

税引後の手取りは、入金と支払いの順序まで見て確かめる

売却後に使える資金は、入金から税金と実際の支出を差し引いて見積もります。支払時期も並べると、必要な日に現金が足りるかを確認できます。

税務上の利益と今後の手元資金を分ける

取得費は利益の計算で差し引きますが、過去に払ったお金です。売却時にもう一度支払う費用ではありません。税額の計算式をそのまま手元資金の計算に使うと、取得費を重ねて引くおそれがあります。

用途ごとに、計算の欄を分けてください。

仲介報酬を代金から精算する場合は、契約価格と振込額も異なります。振込額だけを税金の計算に使うと、収入や費用の扱いがずれる場合があります。

契約価格から何を差し引いたのか。精算書に残して、税理士が確認できる形にします。過去の出資額と、これから支払う費用が混ざっていないかも見直してください。

借入返済に使っても売却益がそのまま減るわけではない

売却代金を借入返済に使っても、その使途だけで株式の売却益が減るわけではありません。税金の計算と、お金を何に使ったかは別の問題です。

社長個人が受け取った代金で会社を支えるなら、会社へどう入れるかも決める必要があります。貸付として扱うのかなど、資金移動の根拠を確認してください。生活費と事業資金を、同じ財布として扱わないようにします。

使い道を決める前に確認したい項目です。

• 納税のために残す予定額
• 個人が負担する支払いの根拠
• 会社へ入れる資金の扱い
• 当面の家計に必要な金額

手元に入った代金を使い切る前に、納税資金を取り分けてください。 会社の支払いを優先したい場合も、税額の見込みを出してから配分を決めます。返済後に税金が残れば、家計の立て直しが難しくなるためです。

分割払いでは契約額と手元の現金に差が出る

買い手からの入金が分かれる契約では、売却時点の現金が契約総額より少なくなります。税金も受け取った都度だけ考えればよい、と自己判断しないでください。所得を計上する時期と、入金時期の照合が必要です。

将来の実績に応じた追加払いも、まだ使えないお金です。納税や生活費の予定に満額を織り込むと、資金不足を招くおそれがあります。

契約案では、次の項目を確認します。

• 代金の支払日と支払条件
• 後払いになる金額
• 追加払いが生じる条件
• 未払い時に備えた契約上の措置

買い手の資力も確認対象です。提示額が高くても、支払いの見通しが弱ければ、廃業後の生活設計には使いづらい条件になります。税引後の総額と、当面使える額を並べて比較してください。

株式代金と役員借入金の返済を区別する

会社から見た役員借入金は、社長から見ると会社への貸付金です。株主として受け取る株式代金とは、お金が発生した理由が異なります。

M&Aの条件には、貸付金の扱いが含まれる場合があります。返済するのか、残すのか、別の整理をするのか。株式の譲渡契約とあわせて確認してください。

合計の受取予定額だけでは、税金の見積もりに足りません。内訳が必要です。

• 株式の譲渡代金
• 貸付金の返済予定額
• 未精算の立替金
• 売却に伴う費用の負担額

帳簿上の残高と、実際に貸した記録が合っているかも確かめます。返済予定があっても、その原資が会社にあるとは限りません。誰が資金を用意し、いつ精算するのかまで条件に落としてください。

廃業と売却は、税金に加えて借入と連帯保証で比較する

廃業と売却の比較には、税引後の受取額と、会社・個人に残る負担が必要です。代金の多さだけで選ぶと、売却後も保証の不安を抱えるおそれがあります。

株式を売っても連帯保証は自動で外れない

株式の所有者が変わることと、連帯保証が解除されることは別です。代表者を退任する予定でも、それだけで金融機関との保証関係が終わるとは考えないでください。

買い手との約束と、金融機関による保証解除の確認は分けて扱います。 売買契約に買い手の義務を書いても、その条項が金融機関の同意に代わるわけではありません。

売却条件には、次の確認を含めます。

• 保証の対象となる借入
• 保証解除に向けて必要な条件
• 金融機関の同意の状況
• 解除を確認する資料と時期

税引後の手取りが残っても、保証が続けば個人負担が後から生じるおそれがあります。入金だけを取引の着地点にしないでください。

協議の主体は経営者本人と、必要に応じて依頼する弁護士等の専門家です。仲介会社については、協議に使う資料やM&Aの条件を整える役割を確認します。

事業譲渡では会社側の税金から見積もる

会社が事業を売る場合、代金を受け取るのは会社です。経営者個人による株式売却と同じ税率を、そのまま当てはめることはできません。

資産の譲渡による収益は、原則として法人の所得計算に入ります。法人税法22条2項の益金算入の一般原則による扱いです。会社全体の所得計算を踏まえ、法人税などの負担を見積もります。法人税の税率については、国税庁「法人税の税率」で確認できます。

消費税も別の確認事項です。株式などの有価証券の譲渡は非課税取引ですが、事業譲渡では移す資産の内容を見ます。土地などの非課税取引の一般原則を、対象資産に当てはめるためです。国税庁「非課税となる取引」

会社に入った代金は、債務や費用への充当も見込まれます。個人の生活費に使える額を知るには、会社から個人へ渡る段階まで追って計算してください。

事業の価値と株式価格は分けて考える

資金繰りが厳しくても、仕事を引き継ぎたい買い手が見つかる可能性はあります。ただし、事業への評価がそのまま株式代金になるわけではありません。借入や必要な運転資金も、条件に影響します。

残せる事業があるかを調べる際は、税額の資料とは別に、引き継げるものを整理します。買い手が継続後の姿を検討できる内容が必要です。

• 続いている仕事と受注の見通し
• 従業員の雇用を続ける条件
• 取引先との契約の状況
• 引き継ぎまでに必要な資金

従業員や取引先への影響が気になるなら、売却額と継続条件を並べて比べます。家族に説明するときも、個人の手取りと、事業を残すための負担を分けると話が通じやすくなります。

事業を残す案を検討しても、状況によっては法的整理が適切な場合もあります。継続の見通しや支払能力を踏まえ、負担が増えるだけの計画になっていないかも確認してください。

成約まで待てる資金があるかを確かめる

売却の話が進んでいても、成立するまでは会社の支払いが続きます。買い手が関心を示した段階で、入金が決まったものとして資金繰りを組むのは避けてください。

廃業案と売却案には、出口までの資金を載せます。

手元資金でどこまで支払えるかを先に把握し、実行できる案を比べます。待てる期間が短ければ、税務上有利に見える案でも間に合わない場合があります。

詳しくは自社株ランキングの順位より先に確かめたい、廃業時の売却条件と保証の行方をご覧ください。

契約前に税額と保証を確認するための資料と進め方

契約前の確認は、株式の取得資料、会社の資金繰り、保証契約を分けて進めます。資料が足りない場合は不足を明示し、分かる範囲から試算を始めてください。

決算書だけでは個人の取得費を確認しきれない

税額を出す資料と、会社の価値を判断する資料は役割が異なります。決算書だけそろえても、株主個人の取得費を確認できるとは限りません。

用途ごとに分けると、不足している資料が見えてきます。

古い資料を探す間も、目前の支払日は動きません。不足資料の一覧を作り、現時点の残高や支払予定を先に伝えます。税額の確認と、資金不足への対応を並行するためです。

経理担当者や家族が資料を保管しているなら、必要な範囲を絞って頼んでください。未確定の売却情報を広げないよう、説明する相手と内容も決めておきます。

税務・法律・仲介で確認する範囲を決める

個別の税額計算や申告は税理士が扱います。弁護士は、債務整理や保証に関する法的な判断などを扱う立場です。仲介会社は、買い手との条件設計や取引の進行を担います。

確認を依頼するときは、担当範囲を具体的にしてください。

• 税理士には課税区分と税額を確認する
• 弁護士には保証と契約上の責任を確認する
• 仲介会社には代金と引継ぎ条件を確認する

専門家を選ぶ際は、非上場株式の売却や再生案件を扱う経験を確認します。見積書には、何の確認を含み、追加費用が生じるのはどんな場合かも示してもらいます。

状況によっては法的整理が適切な場合もあります。売却を進める判断と、進めない判断の両方に対応できる体制かを確かめてください。署名後に負担が分かる事態を避けるため、契約案の段階で確認を入れます。

入金後の納税予定まで資金繰り表に載せる

売却代金の入金日と、税金を払う日は一致するとは限りません。入金したお金を、使える額と納税のために残す額に分けておきます。

整理する順序は次のとおりです。

1. 契約案から入金日と入金額を拾う
2. 売却に伴う支払額を並べる
3. 税額と納付時期の見込みを確認する
4. 個人と会社の残高を別々に計算する

所得税だけで終えず、住民税の予定も確認してください。いつまでに、どの程度の現金を残す必要があるかを表にします。

未確定の金額には、その印を付けます。追加払いがなかった場合や、費用が増えた場合も試算しておくと、生活費に回す額を決めやすくなります。家族には契約総額だけを伝えず、支払い後の残高も共有してください。

先に費用を用意できない場合は精算条件を確認する

手元資金が乏しい場合は、報酬額と支払時期をあわせて確認してください。先払いが必要かどうかで、実行できる案が変わるためです。

あさひ国際会計株式会社の相談は無料です。着手金はなく、成功報酬のみ。報酬を成約時に譲渡代金の中から精算するため、売り手の手元からの持ち出しは0円です。当社の報酬体系によります（2026年8月確認）。

成功報酬そのものが無料という意味ではありません。契約前に報酬額を確認し、税引後の手取りにも反映します。税金や別途依頼する専門家の費用は、仲介報酬と分けて予算に入れてください。

譲渡代金が見込めない段階では、精算できるかも未確定です。費用を払えない不安がある場合は、その条件を先に伝えます。報酬の精算方法が成り立つかを確認してから契約へ進む順序です。

納税資金が足りないときは、取引条件と支払い予定を見直す

納税資金の不足が見込まれるなら、契約前は代金の支払条件を見直します。契約後は税額と残高を確認し、事情に応じた猶予制度の適用可能性を検討します。

会社の資金難と個人の納税難を区別する

会社の預金が足りないことと、社長個人が株式売却の税金を払えないことは別です。どちらの資金が不足しているかを、口座残高と支払予定から確かめます。

個人の売却代金を会社の支払いに回せば、個人の納税資金が減ります。会社に資金があっても、自由に個人の納税に使えるわけではありません。資金移動には根拠が必要です。

不足を伝える際は、次の情報をそろえます。

• 税金を負担する人または会社
• 現在使える預金の額
• 納付が必要になる時期
• その間の入金と支払いの予定

不足額と時期を整理すると、支払条件の変更で対応できるかを検討できます。会社と個人を合わせた残高だけで判断しないでください。残高があっても、別の支払いのために残すべき資金が含まれる場合があります。

納税の猶予は会社の廃業だけで決まらない

国税を一時に払えない事情がある場合、申請に基づいて納税を猶予する制度があります。ただし、会社の廃業だけで、社長個人の売却益にかかる税金が猶予されるとは判断できません。

国税通則法46条2項には「納税者がその事業を廃止し、又は休止したこと」とあります。著しい損失なども対象事由です。その事実に基づいて、一時に納付できないことなどが要件となります。

期間は、納付できないと認められる金額を限度に、申請に基づく1年以内です。条文と期間は、e-Gov法令検索「国税通則法」46条によります（2026年8月19日確認）。

納税者本人の事情が要件に当たるかを確認します。会社の事情と社長個人の事情を分けて税理士に伝え、適用可能性や必要資料を確かめてください。制度の存在だけを理由に、納税資金を予定から外さないようにします。

換価の猶予は納税の猶予と分けて確認する

滞納処分による財産の換価を猶予する制度もあります。財産の売却などを待ってもらう仕組みで、税金の免除ではありません。納税の猶予とも別制度です。

国税徴収法151条の2には「その事業の継続又はその生活の維持を困難にするおそれ」とあります。納税について誠実な意思があると認められることも、要件に含まれます。

申請による換価の猶予は、対象国税の納期限から6月以内の申請が要件です。猶予期間は1年以内。申請には財産目録などの資料も必要です。期限と要件は、e-Gov法令検索「国税徴収法」151条の2によります（2026年8月19日確認）。

申請が認められる前提で、売却代金を使い切らないでください。要件の確認と、納付する資金の見通しを並行して進めます。住民税の扱いまで同じだと考えず、税目ごとの確認も必要です。

再生型M&Aでは資料と条件設計の後方支援を受ける

再生型M&Aの相談では、事業を残す条件と、個人に残る責任をあわせて整理します。廃業か売却かを決めきれずに相談する経営者は珍しくありません。資料が足りなくても、目前の支払予定から話を始められます。

あさひ国際会計株式会社は、再生型M&Aの仲介を扱っています。連帯保証の解除を見据えた条件設計や、事業承継の検討をおこなう立場です。

金融機関との協議に関しては、次の後方支援を担います。

• 協議に必要な財務資料の整備
• 事業価値を説明する資料の作成
• 保証解除を見据えたM&Aの条件設計

金融機関との協議や交渉の主体は、経営者本人です。必要に応じて依頼する弁護士等の専門家も、その役割を担います。当社は資料作成と条件設計を通じて、ご本人の判断と協議を支えます。

状況によっては法的整理が適切な場合もあります。売却だけを前提にせず、資金の期限と事業の見通しを確認してください。税引後の受取額に加え、保証の扱いと引き継ぎまでの資金も整理します。

よくある質問

自社株を売った金額の全額に税金がかかりますか？

個人が第三者へ売却する場合、原則として取得費と譲渡費用を差し引いた利益が課税対象です。代金全額に税率を掛ける計算ではありません。発行会社による買い取りでは、みなし配当の有無も確認します。

取得費の資料が足りないと、税額の見積もりも定まりません。創業時の出資と、その後に会社へ貸したお金を分けて伝えてください。

債務超過の会社なら自社株売却の税金はかかりませんか？

債務超過という会社の状態だけでは、個人の売却益の有無は決まりません。株式代金から取得費と譲渡費用を差し引いて確認します。法人の赤字を、そのまま個人の売却益から引く考え方にはしません。

会社の決算書に加え、株式の取得記録と契約案をそろえると、課税される利益を検討しやすくなります。

売却代金を借入返済に使えば税金は減りますか？

返済に使ったという理由だけで、株式の売却益が減るわけではありません。税務上差し引く取得費や譲渡費用と、入金後の使い道は分けます。返済に充てる前に、納税のために残す金額を確認してください。

会社の借入を個人資金で返す予定なら、その負担の根拠も確認します。保証の問題がある場合は、法的な責任の整理も並行して進めてください。

自社株を売れば社長の連帯保証も終わりますか？

株式の売却だけで連帯保証が終わるわけではありません。金融機関の同意を含め、解除に必要な条件を別途確認します。買い手との売買契約だけで、金融機関に対する保証関係まで変わるとは考えないでください。

退任日や入金日に加え、解除を確認する資料と時期を確かめます。手取りと保証の残り方を並べると、売却後の生活を見積もりやすくなります。

まとめ

売却先、取得費の資料、代金の支払条件をメモにし、会社の借入・保証契約と分けて整理してください。廃業と売却で迷っている場合は、そのメモをもとに、税引後の手取りと保証の扱いを当社の無料相談でお聞かせください。

状況によっては法的整理が適切な場合もあるため、支払期限と手元資金もあわせてお伝えください。

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この記事を書いた人

あさひ国際会計株式会社 代表取締役 金子広夢
東京都中央区日本橋兜町17番2号 兜町第6葉山ビル4階／中小企業庁 M&A支援機関登録制度 登録支援機関
連帯保証の解除を見据えた再生型M&Aを専門に、年間60件以上のM&A仲介の成約実績があります。
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最終更新日: 2026年9月22日