有限会社を廃業するには｜借入・連帯保証を残さない出口の選び方

この記事の対象と結論

有限会社を廃業したいものの、借入や経営者保証が残っている。何から始めればよいか分からない経営者に向けた記事です。

有限会社を終えるには、営業を止めるだけでは足りません。解散を決め、会社の財産と債務を清算し、清算結了を登記する流れがあります。

ただし、会社の財産ですべての債務を払えない場合、通常清算だけでは終えられません。破産や特別清算などの法的整理を検討する場面があります。

事業、雇用、取引基盤に価値が残っていれば、M&Aも候補です。廃業届を出す前に、会社の債務、個人の連帯保証、事業価値を分けて確認することが出発点になります。

有限会社の廃業で最初に確認すること

営業停止と会社の消滅は別である

店舗を閉めたり、受注を止めたりすることも、日常では「廃業」と呼ばれます。しかし、営業を止めただけでは法人格が残ります。

会社名義の借入や賃貸借契約も残ったままです。売掛金、未払金、税務申告、登記の管理も続きます。

会社そのものを終える一般的な流れは、次のとおりです。

1. 株主総会で解散を決める
2. 清算人を定めて登記する
3. 債権者へ公告と催告をする
4. 財産を換価して債務を払う
5. 清算結了を登記する

会社法475条は、解散後に清算をおこなうことを定めています。ただし、合併による消滅や、破産手続が終わっていない場合などは除かれます。

つまり、廃業は一つの届出名ではありません。営業終了から法人格を終えるまでを表す、実務上の広い言葉です。

登記・定款・株主を先に確かめる

長く続いた有限会社では、経営者の認識と登記内容が一致していないことがあります。古い定款や、変更されていない役員情報が残ることもあるためです。

初めに確認したい資料は、次のとおりです。

• 履歴事項全部証明書
• 定款と過去の変更記録
• 株主構成が分かる資料
• 役員と代表者の記録
• 不動産などの登記資料

解散は会社内部の意思決定を伴います。代表者だけの判断で進められるとは限りません。

株主が複数いる場合は、議決権を確認します。亡くなった株主の名義が残っていれば、相続関係の整理が先になる可能性もあります。

登記は司法書士、法的な争いは弁護士へ確認する領域です。古い書類が見つからない場合も、分かる範囲を一覧にして相談すると話が進みやすくなります。

債務を全額払えるかを現金基準で見る

通常清算を進められるかは、会社の財産で債務を払えるかに左右されます。決算書の純資産だけでは判断できません。

確認する債務には、借入金以外も含まれます。

• 買掛金や外注費
• 未払給与や退職金
• 税金や社会保険料
• リースの精算金
• 賃貸物件の原状回復費
• 契約解除に伴う違約金

帳簿上は資産超過でも、在庫や設備が帳簿価額で売れるとは限りません。不動産にも、売却までの時間や費用がかかります。

反対に、債務超過でも事業価値が残る場合があります。顧客基盤、人材、技術、許認可、取引契約などは、貸借対照表だけでは読み取りにくい資産です。

詳しくは債務超過の会社を買ってくれる会社の探し方をご覧ください。

資金が尽きる時期を日付で出す

廃業を考え始めたら、月次決算より先に資金繰りを見ます。確認したいのは「あと何か月赤字に耐えられるか」ではありません。

「どの日に、どの支払いができなくなるか」を出します。

1. 現預金残高を確認する
2. 入金予定を日付順に並べる
3. 給与と外注費の期限を入れる
4. 借入返済日を記載する
5. 税・社会保険の期限を入れる
6. 解約や撤去の費用を見積もる

この表があれば、通常清算の資金を残せるかを検討できます。M&Aを試す時間があるかも見えます。

資金不足が近いときは、設備売却や特定の債権者への支払いを独断で進めないでください。後の法的手続に影響することがあるため、弁護士へ状況を伝えたうえで判断します。

解散から清算結了までの実務

株主総会で解散を決める

有限会社（特例有限会社）は、会社法471条3号により、株主総会の決議で解散できます。

この解散決議は、会社法309条2項11号の特別決議ですが、特例有限会社には「会社法の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律」14条3項の特則が適用されます。総株主の半数以上で、かつ総株主の議決権の4分の3以上を有する株主の賛成を要します。出席株主だけを基準にするものではありません。

定款でこれらの割合を引き上げることはできますが、軽減することはできません。株主構成と定款を照合してから、決議の方法を決めます。

解散時には清算人も確認します。定款や株主総会に別段の定めがなければ、解散時の取締役が清算人となるのが会社法478条1項1号の基本です。

株主間に争いがある場合や、名義の問題がある場合は、決議前に弁護士や司法書士へ確認します。

解散と清算人を登記する

解散を決議した後は、本店所在地で登記を進めます。

会社法926条では、解散の日から2週間以内に解散を登記すると定めています。清算人の登記も、解散の日または選任の日から2週間以内です。

株式会社に関する登録免許税は、登録免許税法別表第一第24号で次のように定められています。

3件の合計は4万1千円です。ただし、これだけで廃業費用の総額にはなりません。

官報公告の実費や司法書士報酬は別にかかります。税務申告、在庫処分、設備撤去、原状回復にも費用が生じる場合があります。

登記内容に修正が要る会社では、その手続と費用も加わる可能性があります。着手前に司法書士から範囲を示してもらうと、資金計画を立てやすくなります。

債権者への公告と個別催告をする

清算株式会社は、解散後遅滞なく、債権者へ債権の申出を求める公告をします。判明している債権者には個別の催告もおこないます。

会社法499条1項による申出期間は、2か月を下回ることができません。解散を決議した直後に清算結了へ進めない理由の一つです。

清算人は、この間に会社の財産と債務を調査します。売掛金を回収し、在庫や設備を換価して、弁済に備えます。

帳簿にない債務も確認します。契約の解約金、従業員への支払い、原状回復費などが漏れると、清算途中で資金が足りなくなることがあります。

債務を全額払えない疑いが出た場合、通常清算を前提とした支払いを続けてよいとは限りません。その段階で弁護士へ相談し、法的整理との分岐を確認します。

債務を払い清算結了を登記する

会社財産を換価して債務を弁済し、なお財産が残れば株主へ分配します。その後、決算報告について株主総会の承認を受けます。

清算結了の登記期限は、その承認日から2週間以内です。根拠は会社法929条1号です。

ただし、債務を払いきれない会社は、そのまま通常清算を終えられません。

会社法510条では、清算の遂行に著しい支障がある場合や、債務超過の疑いがある場合に、裁判所が特別清算開始を命じる枠組みを定めています。

さらに会社法511条2項では、清算株式会社に債務超過の疑いがあるとき、清算人が特別清算開始を申し立てることを定めています。

破産と特別清算のどちらが合うかは、会社の状態によります。債権者構成や協力の見込み、資産状況などを踏まえ、依頼者が委任する弁護士等が法的な手続を担います。

借入と連帯保証がある場合の分岐

会社を解散しても連帯保証は残る

会社の借入に経営者が連帯保証を付けている場合、解散だけで保証契約が消えるわけではありません。

民法446条では、保証人は主たる債務者が履行しないときに、履行する責任を負うとされています。保証契約は書面でなければ効力を生じません。電磁的記録も書面とみなされます。

まず保証契約書の写しを確認します。借入ごとに保証の有無と範囲を一覧にしてください。

一般の保証人には、催告の抗弁と検索の抗弁があります。一方、連帯保証人は民法454条により、その権利を持ちません。

そのため、「先に会社へ請求してほしい」と主張できる立場ではありません。会社が払えなければ、経営者個人へ請求が及ぶ可能性があります。

詳しくは廃業したら連帯保証はどうなる？残る理由と整理の道をご覧ください。

保証契約と個人資産を分けて整理する

保証の全体像は、記憶だけでは判断できません。会社と個人の資料を分けて集めます。

• 金銭消費貸借契約書
• 保証契約書の写し
• 借入金の返済予定表
• 信用保証協会の関係書類
• 担保設定が分かる登記資料
• 個人の資産と債務の一覧

個人根保証では、民法465条の2により、極度額を定めなければ効力を生じません。極度額は保証責任の上限です。

個人貸金等根保証契約では、民法465条の3に元本確定期日の制限があります。期日の定めがない場合は、締結日から3年を経過する日が元本確定期日となります。

ただし、元本確定は保証契約の自動終了を意味しません。確定した元本についての保証責任は残ります。

契約の効力や範囲は、締結時期や文面によって判断が変わります。個別の法的判断は弁護士へ確認してください。

経営者保証ガイドラインには要件がある

「経営者保証に関するガイドライン」には、保証債務の整理を申し出る枠組みがあります。会社を廃業すれば自動的に使えるものではありません。

ガイドライン7項（1）は、次の要件をすべて満たすことを求めています。

1. 保証契約が第3項の要件を満たす
2. 会社側の債務整理手続がある
3. 債権者にも経済合理性が見込まれる
4. 免責不許可事由が生じていない

2点目は、単に「会社も整理する」という意味ではありません。

主たる債務者である会社が、破産、民事再生、会社更生、特別清算などの法的債務整理手続を申し立てていることが要件です。ガイドラインの利用と同時に申し立てる場合も含まれます。

または、中小企業活性化協議会の再生支援スキームなど、ガイドラインが挙げる準則型私的整理手続を申し立てていることが求められます。手続が係属中の場合や、すでに終結した場合も対象に含まれます。

さらに、会社と保証人の資産・債務を総合的に見ます。破産手続による配当より多くの回収が見込めるなど、対象債権者にとっての経済合理性も問われます。

早期に再生や清算へ着手した場合、一定期間の生計費に相当する額や、華美でない自宅等を残存資産に含める検討も示されています。ただし、対象債権者の回収見込額が増える範囲などの条件があります。

制度の原文は、全国銀行協会「経営者保証に関するガイドライン」で確認できます。

税金と社会保険料も別に把握する

資金繰りが悪化すると、借入返済だけでなく、税金や社会保険料の納付も難しくなります。

国税通則法46条2項には、納税の猶予があります。事業の廃止や著しい損失などがあり、国税を一時に納められないと認められる場合が対象です。

納税者の申請に基づき、納付できないと認められる金額について、1年以内の猶予が検討されます。

国税徴収法151条の2に定める換価の猶予は、これとは別の制度です。納期限から6か月以内の申請や、財産目録などの添付が求められます。

社会保険料については、厚生年金保険法86条が督促の仕組みを定めています。督促状の指定期限までに納付しないと、国税滞納処分の例による処分が可能とされています。

次の項目を分けて一覧にすると、相談時の説明がしやすくなります。

• 税目や保険料の種類
• 未納額と納期限
• 督促状の有無
• 差押えの有無
• 分納などの経緯

税務は税理士、社会保険は社会保険労務士、法的整理は弁護士の領域です。複数の債務が重なる場合は、情報を共有して進めます。

通常清算・法的整理・M&Aの選び方

3つの出口は目的が違う

有限会社の出口は、通常清算だけではありません。債務の支払能力と事業価値により、候補が変わります。

通常清算は、会社財産で債務を全額払えるときに検討しやすい出口です。

法的整理は、支払不能や債務超過に対応する裁判所の手続です。破産法1条は、財産の適正かつ公平な清算に加え、債務者の経済生活の再生機会を確保することも目的に掲げています。

M&Aは、会社や事業を第三者へ引き継ぐ選択肢です。法的整理が適切な場合もあるため、M&Aだけを前提に決めるものではありません。

詳しい比較は廃業とM&Aの比較｜メリット・デメリットと判断基準を解説をご覧ください。

通常清算を選びやすい状態

通常清算を検討しやすいのは、次の条件を満たす会社です。

• すべての債務を払える
• 廃業費用も確保できる
• 株主間の合意を得られる
• 簿外債務の懸念が小さい
• 事業承継を希望していない

ここで注意したいのは、資産の評価です。帳簿価額ではなく、売却費用を引いた実際の回収見込みで考えます。

賃貸物件では、原状回復費や残置物処分費が生じる場合があります。従業員がいれば、未払給与や退職金も確認します。

残余財産を株主へ分配すると、税務上のみなし配当や株式の譲渡所得等が生じることがあります。分配前に税理士へ税額を確認すると、清算資金の不足を防ぎやすくなります。

破産・特別清算を検討する状態

破産法2条11項は、支払不能を「弁済期にある債務を一般的かつ継続的に弁済できない状態」と定めています。

手元資金が一時的に少ないだけなのか、今後も支払いを続けられないのかを分けて見ます。

法人破産の費用は、裁判所へ納める分と弁護士費用に分かれます。東京地方裁判所の令和8年1月1日版資料では、法人の自己破産の申立手数料は1,000円です。

同資料の「管財事件（自己破産申立事件）」では、最低20万円に加え、法人1件あたり16,264円が加わります。予納郵券は4,950円です。

一方、債権者破産申立事件および本人申立事件の管財事件は、負債総額に応じた別表です。負債5,000万円未満の法人は70万円とされています。申立て方によって基準が異なる点に注意してください。

これらは裁判所へ納める費用です。弁護士費用には全国一律の報酬基準がなく、事務所や事案で変わります。

費用を用意できない可能性がある場合も、資金が尽きるまで待つのは避けたいところです。残った資金をどう扱うかを含め、早い段階で弁護士へ伝えます。

M&Aで事業を引き継ぐ状態

赤字や債務超過であっても、事業価値が残る会社はM&Aを検討できる場合があります。

買い手が見るのは、純資産だけではありません。

• 継続する顧客との関係
• 経験のある従業員
• 技術や運営ノウハウ
• 設備や営業拠点
• 許認可や取引基盤

当社が支援して成約した案件のうち、財務概要が残る9件では、およそ3分の2が債務超過でした。債務超過額は3,000万円から6,000万円規模が中心です。

たとえば、運送業で売上1億円台、債務超過3,000万円規模、従業員10名前後の会社が成約した例があります。売上4,000万円規模の小規模な会社も成約しています。

ただし、規模や財務状態だけで成約を見通せるわけではありません。事業の収益性、買い手との相性、引継ぎ条件などを個別に見ます。

譲渡方式と連帯保証を切り離さない

株式譲渡では法人格が変わらないため、会社の借入などは会社に残ります。買い手は簿外債務や偶発債務を含めて調査する傾向があります。

事業譲渡では、引き継ぐ財産を選べます。一方で、契約、登記、許認可などを個別に扱う作業が生じます。

会社法467条では、事業の全部または重要な一部の譲渡について、株主総会による承認を定めています。「重要な一部」の基準には、譲渡資産の帳簿価額が総資産額の5分の1を超える場合があります。

また、「事業譲渡なら債務が移らない」と単純化はできません。会社法22条は、譲受会社が譲渡会社の商号を続けて使う場合の責任を定めています。

株式譲渡と事業譲渡のどちらでも、連帯保証が自動的に外れるわけではありません。中小M&Aガイドライン第3版は、保証の解除や引継ぎを最終契約の主要項目としています。

正式な解除や移行は、クロージングと代表者変更を経た後、金融機関等の判断により進みます。買い手との合意だけで保証契約が消えるものではありません。

準備する資料と相談先の選び方

相談前に資料を一つにまとめる

初回相談の段階で、すべての資料がそろっている必要はありません。まず、会社の状態を説明できる範囲でまとめます。

財務と資金繰りの資料は次のとおりです。

• 直近の決算書
• 最新の試算表
• 預金残高が分かる資料
• 今後の入出金予定
• 借入金の返済予定表

契約と保証の資料も分けて集めます。

• 借入契約書
• 保証契約書
• 賃貸借契約書
• リース契約書
• 許認可の関係資料

資料がない項目は、「所在不明」と記録して構いません。何が欠けているかが分かれば、次に取る行動を決められます。

従業員と取引先への影響を分ける

廃業には、従業員、家族、取引先への影響があります。罪悪感から連絡を先延ばしにすると、選択肢が狭まることもあります。

従業員について確認する項目は、次のとおりです。

• 給与の支払見込み
• 退職時期
• 退職金規程の有無
• 有給休暇の状況
• 雇用承継の可能性

労働基準法24条は、賃金を通貨で直接労働者へ全額支払うことを原則としています。また、毎月1回以上、一定の期日を定めて支払うとしています。

退職した労働者から請求があった場合、労働基準法23条により、7日以内に賃金を支払います。争いがある場合も、異議のない部分は同じ期間内の支払いが求められます。

取引先については、未完了の受注、預り金、売掛金、買掛金を分けます。突然営業を止める前に、履行できる契約と難しい契約を把握します。

逃げずに向き合うとは、経営者が一人で抱えることではありません。事実を整理し、適切な専門家と伝える順序を決めることです。

専門家の担当領域で選ぶ

有限会社の廃業は、複数の専門領域にまたがります。

相談先を選ぶときは、「廃業に詳しいか」だけでなく、いま抱えている問題と専門領域が合うかを見ます。

破産手続きを主に扱う専門家と、事業を残す前提の再生を扱う専門家では、得意分野が異なります。

弁護士から法的整理を提案された場合でも、事業譲渡の余地を別の専門家へ確認することはできます。一方で、資産や事業価値が乏しい場合など、法的整理が適切なこともあります。

相談する経営者は珍しくありません。恥ずかしさから数字を小さく伝えるより、未払いや保証の状況をそのまま共有したほうが、現実的な検討につながります。

連帯保証まで含めて工程を設計する

M&Aで譲渡契約が成立しても、金融機関との保証契約が同時に消えるとは限りません。

M&A支援機関協会の自主規制ルールでは、2025年1月1日から、最終契約書の草案に経営者保証の解除を譲受け事業者へ義務付ける条文案を盛り込むことが定められました。

譲受け事業者の資力に関する調査義務も定められています。ただし、最終的な保証解除には金融機関等の判断が関わります。

当社は、次の実務を通じて経営者ご本人の協議を支えます。

• 協議に使う財務資料の整備
• 事業価値の説明資料の作成
• 買い手候補の調査と選定
• M&Aの条件と工程の設計

法的な交渉を要する場合は、経営者が依頼する弁護士等と連携します。

これまで成約に至った案件では、いずれも連帯保証の解除まで見届けています。ただし、金融機関の同意が前提です。すべての会社で同じ結果になると言い切れるほど単純ではありません。

よくある質問

有限会社は営業を止めれば廃業できますか

営業を止めただけでは法人格が残ります。会社そのものを終えるには、解散、清算人の登記、債権者への公告と催告、財産と債務の清算、清算結了の登記まで進めます。税務や社会保険の処理も別に生じます。

借入金が残っていても通常清算できますか

借入があっても、会社財産ですべての債務を払えるなら通常清算を検討できます。払えない場合は、通常清算だけで終えられません。破産や特別清算、M&Aを比較し、法的手続は弁護士等へ確認します。

廃業費用を払えない場合はどうなりますか

株式会社の解散、清算人、清算結了の登録免許税は合計4万1千円です。官報公告の実費や専門家報酬などは別にかかります。法人破産でも裁判所へ納める費用と弁護士費用が生じます。資金が不足しそうな段階で相談し、残った現預金の扱いを含めて計画します。

赤字や債務超過でもM&Aを検討できますか

赤字や債務超過だけで譲渡の可否は決まりません。顧客、従業員、技術、許認可、設備などに価値があれば、買い手候補が見つかる場合があります。ただし、連帯保証の解除には金融機関等の同意が関わり、M&Aにより自動的に外れるものではありません。

まとめ

有限会社を廃業するには、営業停止の後に、解散と清算を進めます。債務を払い、清算結了を登記して、会社を終える流れです。

最初に整理したい項目は、次の4点です。

1. 会社財産で債務を払えるか
2. 連帯保証がどこにあるか
3. 事業や雇用を引き継げるか
4. 廃業や法的整理の費用があるか

債務を全額払えるなら、通常清算が候補です。支払不能や債務超過の疑いがあれば、破産や特別清算を検討します。

事業価値が残っている場合は、M&Aによる引継ぎも候補になります。状況によっては法的整理が適切な場合もあるため、会社、事業、個人保証を分けて比べることが大切です。

あさひ国際会計株式会社は、連帯保証の解除を見据えた再生型M&Aを専門としています。相談は無料で、着手金はありません。

成功報酬は成約時に譲渡代金から精算します。そのため、売り手の手元からの持ち出しは0円です。

平日の営業時間内のご連絡には、最短当日に対応します。廃業を決め切っていない段階でも、通常清算、法的整理、M&Aの分岐からご相談いただけます。

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この記事を書いた人

あさひ国際会計株式会社 代表取締役 金子広夢
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最終更新日: 2026年9月20日