自社株の税金は売却先で変わる―廃業時のお金を会社と個人に分けて考える

この記事の対象と結論

自社株の税金は、誰に株を売るか、どの形でお金を受け取るかによって変わります。第三者への売却と、自分の会社による買い取りでは、同額を受け取っても税額が違う場合があります。

借入の連帯保証を抱え、廃業を考えているなら、税率だけで出口を選ばないでください。会社の支払いと個人の納税を分け、保証の扱いまで並べて判断する必要があります。

売却代金の全額が、そのまま生活に使えるお金になるとは限りません。 税金と費用を見込んだうえで、入金後に残せる額を確かめます。

廃業や資金繰りについて相談する経営者は珍しくありません。株の取得資料がそろっていなくても、分かる範囲を整理するところから始められます。

自社株の税金は、お金を受け取る経路で変わる

自社株を手放すときは、買い手と代金の受取人を確かめると、課税の違いが見えてきます。経営者個人への入金と、会社への入金を分けて整理してください。

第三者へ株を売るなら、個人の譲渡益が出発点

経営者が持つ株式を第三者へ売る場合、基本となるのは個人の売却による利益です。売却代金から取得費や譲渡にかかった費用を差し引いて考えます。

給与などの所得とは分けて税金を計算する仕組みが「申告分離課税」です。国税庁も、株式等の譲渡による所得について、この課税方式を示しています。出典：国税庁「株式等を譲渡したときの課税」

売却額だけでは税額は出せません。設立時に払い込んだのか、後から購入したのかで、確認する資料が変わるためです。

借入残高も別に扱います。会社の借入を、個人の売却代金からそのまま差し引く計算にはなりません。株式の売却と借入返済は、別の取引として確認してください。

自分の会社が買う場合は、みなし配当を確認する

発行した会社自身が株主から株を買う取引では、受取額の一部が配当として扱われる場合があります。株の売買という形でも、税務上は区分が必要です。

配当として扱われる部分を「みなし配当」と呼びます。自己株式の取得などでは、みなし配当を除いた部分が譲渡所得等の収入金額になります。出典：国税庁「株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合」

資金繰りが厳しい会社なら、買い取り原資も課題です。社長に代金を払った結果、給与や取引先への支払いが足りなくなる案は見直す必要があります。

「第三者が見つからなければ会社に買わせる」と考えることもあるかもしれません。その場合も、税額の比較に先立ち、会社の現金がどれだけ減るかを確認してください。

廃業後に財産を受け取る場合も、全額同じ課税ではない

会社を解散し、清算を進めた結果、株主に財産が分配される場合があります。残った財産を株主へ渡す「残余財産の分配」です。

受け取った金銭などには、みなし配当として扱われる部分が含まれることがあります。その部分を除いた金額は、株式等の譲渡所得等の収入金額とみなされます。出典：国税庁「株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合」

預金残高が、そのまま分配額になるわけではありません。清算に必要な費用や会社の債務を整理し、株主に渡せる財産が残るかを確かめます。

借入を払い切れない見込みなら、先に検討するのは債務の扱いです。分配額を決める段階に進めるかも含めて確認してください。営業をやめることと、お金の整理が終わることは別です。

事業を売ると、代金を受け取るのは会社になる

会社が事業や資産を売る場合、売り手は会社です。社長個人が自社株を売る場合とは、代金の入金先が異なります。

事業の売却代金を、そのまま社長の手取りとして比較しないでください。会社に残る債務や税金を処理した後、個人へお金が移るなら、その移し方も確認対象です。

提示額が同じでも、株式譲渡と事業譲渡では資金の流れが違います。比較表には「誰の口座に入るか」という欄を設けてください。家族へ説明する際も、この区別から伝えると認識がそろいます。

第三者への売却は、売値より譲渡益と納税資金を見る

個人が第三者へ自社株を売るときは、売却による利益を計算してから税額を見積もります。契約金額だけで手取りを判断すると、納税に必要なお金を使ってしまうおそれがあります。

税率を掛ける対象は、売却代金の全額とは限らない

個人の株式等の譲渡益に対する合計税率は、復興特別所得税を含めて20.315%です。内訳は所得税15%と住民税5%、所得税額に対する復興特別所得税2.1%。後者の対象期間は平成25年から令和19年までです。出典：国税庁「株式等を譲渡したときの課税」／提供資料確認日：2026年8月15日

この税率を使う前に、課税対象となる利益を求めます。計算の順序は次のとおりです。

1. 株式の売却代金を確認する。
2. 取得費を裏付ける資料を調べる。
3. 譲渡に直接かかった費用を確認する。
4. 利益を求め、税額を見積もる。

会社の赤字とは別の計算です。経営が苦しくても、個人側に課税される利益が生じることはあります。反対に、売却代金を受け取っただけで、その全額が利益になるとも限りません。

資金表には売却代金と利益を別の欄に記載してください。受取額と課税対象を取り違えると、納税資金の見積もりもずれてしまいます。

取得費が分からなければ、株を得た経緯からたどる

長く経営してきた会社では、株式を取得した当時の書類が見つからないこともあります。思い出せる金額を、そのまま取得費として確定させるのは避けてください。

まず、どのように株主になったかを整理します。

• 設立時に払い込んだ株式か。
• 後から他の株主より購入した株式か。
• 増資の際に引き受けた株式か。
• 相続や贈与で引き継いだ株式か。

経緯が分かれば、探す資料を絞れます。契約書がなくても、払込記録などから確認できることがあります。取得時期が異なる株をまとめて売るなら、保有分ごとの記録も照合してください。

相続や贈与で引き継いだ場合は、現在の評価額をそのまま使うとは限りません。入手経路を税理士へ伝え、取得費の扱いを確認する必要があります。

不明な部分は未確認と記載します。資料がないことを理由に取得費を決めつけず、税額にどれだけ影響するかも試算の依頼時に伝えましょう。

仲介報酬と借入返済は、同じ支出でも扱いが違う

売却に伴う支出には、税金の計算で扱う費用と、資金繰り上の支払いがあります。どちらも現金は減りますが、税務上の扱いは同じではありません。

仲介報酬などは、株式譲渡に直接必要だったかを確かめます。請求書の宛名や業務の内容も確認対象です。会社向けと個人向けの業務が混在するなら、誰が負担する費用かを明らかにしてください。

一方、借入の元本返済は、通常そのまま株式の取得費や譲渡費用にはなりません。返済に回して現金が残らなくても、株式譲渡の税額が同じだけ減るとは限らないのです。

判断に迷う支出は、名称だけで処理しないようにします。「売却のために払った」という説明に加え、契約や請求の内容を確認してもらってください。

詳しくは自社株の利益にかかる税金と手取りの計算帳をご覧ください。

入金予定と納税予定は、同じ資金表で照らし合わせる

税額を試算したら、次は支払えるかを確認します。帳簿上の利益と、口座にある現金は一致しない場合があるためです。

分割払いの契約なら、入金日ごとに税負担を割り振ればよいとは限りません。譲渡の時期と所得を計上する時期を税理士に確認し、納税予定と重ねます。

資金表には、少なくとも次の項目を置きます。

• 株式代金の入金予定日。
• 仲介報酬などの支払予定日。
• 個人の納税見込額と納付時期。
• 生活の維持に残す予定額。

入金予定には条件も添えてください。契約時に受け取る額と、後の条件を満たして受け取る額を分ければ、現時点で使えるお金が見えます。

差額が小さい場合は、価格だけでなく支払条件も検討対象です。契約後に納税資金の不足に気づくと、修正の余地が狭くなります。概算でも、署名前に作成しましょう。

会社の買い取りと清算では、みなし配当の見落としを防ぐ

発行会社による自社株の買い取りと清算時の分配では、受取額を税務上区分する必要があります。第三者へ売る場合の税率を、受取額全体へ機械的に当てはめないでください。

みなし配当は、ほかの所得との関係で負担が変わる

非上場株式の買い取りや清算に伴うみなし配当は、原則として総合課税の配当所得として扱われます。ほかの所得と合わせて確認するため、株式の譲渡益だけを計算する場合とは異なります。

国税庁の配当所得の説明と、自己株式取得等の説明を合わせて確認する区分です。出典：国税庁「配当金を受け取ったとき」、「株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合」

受取額のどの部分がみなし配当になるかは、会社側の資料も必要です。通帳だけでは判定できません。社長が株を買った金額だけで、区分が決まるとも考えないでください。

同じ年に給与などの所得がある場合は、その情報も試算に含めます。自社株の取引に伴う負担と、個人全体の税負担を分けて説明してもらうと、使えるお金を判断しやすくなります。

買い取り代金を決める前に、会社が払えるかを確かめる

自社株の買い取りは、会社から現金が出る取引です。社長の生活費を確保できても、会社の支払いが止まれば、従業員や取引先へ影響が及びます。

月末残高だけでは足りません。入金が遅れた場合も含め、支払日ごとの残高を確認してください。預金に余裕が見えても、近く支払う給与や税金の分が含まれているかもしれません。

会社として買い取りを実行できるかも、税額とは別の確認が必要です。税理士による課税の確認と、弁護士等による手続きの確認を分けて進めます。

債務を払えない状況での社長への資金移動は、慎重に検討する領域です。買い取りを先行させず、資金不足の原因と残る支払いを伝えてください。状況によっては法的整理が適切な場合もあるため、買い取り案だけに絞らない判断が求められます。

清算時の受取額は、会社の支払いを整理して見積もる

清算で株主にいくら残るかは、会社の資産額だけでは決まりません。帳簿に載っている資産が、その金額で現金になるとも限らないためです。

売掛金は、回収予定と実際の回収可能額を分けて見ます。設備も、売れるか、撤去費がかかるかで残る現金が変わります。使い続ける場合の価値と、処分する場合の金額は区別してください。

見積もる際は、次の順に確認します。

1. 回収や売却で得られる現金を見込む。
2. 会社に残る債務と費用を洗い出す。
3. 会社側の税金を試算する。
4. 分配できる財産と個人の税金を確認する。

未確定の項目を無理に埋める必要はありません。「設備の処分額が未定」と残せば、次に確認する事項が見えます。希望する分配額に合わせ、費用を小さく見積もるのは避けましょう。

支払いの不足が判明したら、その段階で出口の候補を見直します。残余財産があることを前提に、個人の生活設計を進めないでください。

買い取りと第三者売却は、税引後の同じ条件で比べる

比較する際は、提示額だけで順位を付けないでください。個人の受取額の区分と、会社への影響が異なるためです。

比較表には前提条件も添えます。税額が概算か、代金を受け取る時期が同じか、費用を含めているかをそろえてください。片方だけ費用を除いた数字では、判断を誤りかねません。

会社による買い取り案には、買い取り後の資金残高も記載します。個人へ多く残る案でも、会社が支払いを続けられなければ、実行可能性を再検討する必要があります。

詳しくは自社株のみなし配当と税金の落とし穴をご覧ください。

会社の赤字・借入・税金を、社長個人の計算に混ぜない

会社が赤字でも、株主個人の自社株売却に税金が生じる場合があります。会社と個人で資金表を分けると、支払う相手と負担者を見失いにくくなります。

債務超過と、株式の譲渡益が出るかは別の問題

会社の負債が資産を上回る状態が債務超過です。個人が株をいくらで取得し、いくらで売るかを表す言葉ではありません。

買い手が事業に価値を見いだせば、債務超過の会社でも譲渡を検討できることがあります。ただし、事業を引き継ぎたい買い手がいることと、株式に高い価格が付くことは別です。

当社が支援して成約した案件には、債務超過の会社も含まれます。財務状態だけで譲渡の可否を決めず、引き継ぐ対象と条件を確認してきました。

税務上は、個人側の取得費と売却条件を調べます。「会社に利益がないから社長の税金もない」という前提を置かないでください。会社の決算書と株式取得の資料は、確認する目的が異なります。

事業売却の税金は、会社側で先に確認する

会社による資産の譲渡の収益は、原則として法人の所得計算に含まれます。法人税法の益金算入の一般原則に沿い、事業譲渡の利益も会社のほかの所得と合わせて確認します。

売却額の全額に、そのまま法人税を掛ける意味ではありません。資産の帳簿価額や費用などを含めて所得を計算します。適用税率は会社の条件によるため、個別の確認が必要です。出典：国税庁「法人税の税率」

赤字がある場合も、税額をゼロと決めないでください。会計上の赤字額と、税務上の所得計算に使える金額は、確認する内容が異なります。

事業代金を受け取った後、個人へお金を移す予定なら、その支払いの性質も調べます。会社が事業を売る段階と、個人が受け取る段階。それぞれの負担を見積もってから、最終的な手取りを比べましょう。

株式売却と事業売却では、消費税の確認も異なる

株式などの有価証券等の譲渡は、消費税では非課税取引とされています。所得税などもかからないという意味ではありません。出典：国税庁「非課税となる取引」

事業譲渡では、対象となる資産ごとに課税関係を確認します。非課税取引の一般原則を当てはめると、土地などは非課税に該当します。一括で売る契約でも、事業全体を同じ扱いにはできません。

見積書や契約案では、次の点を照合してください。

• 売却対象の資産が特定されているか。
• 資産ごとの対価が整理されているか。
• 消費税の扱いが明記されているか。

株式代金と仲介報酬も別の取引です。株式の譲渡が非課税という説明を、関連するすべての支出に広げないようにします。「税金を含む総額」と「株式そのものの価格」は分けて確認しましょう。

社長が会社へ貸したお金は、株式代金と分けて記録する

経営者が会社を支えるため、個人資金を貸し付けている場合があります。その貸付金の返済と、保有株式の売却代金は性質が違います。

話し合いで「社長へ支払う総額」としてまとめられていても、契約では内訳を確認してください。株式の対価なのか、貸付金の返済なのかによって、確認する税務資料が変わります。

整理する際は、会社の帳簿と個人の記録を突き合わせます。

• 株式代金として受け取る予定額。
• 会社への貸付金の帳簿残高。
• 貸付金の返済に関する合意内容。
• 個人が負担する予定の費用。

名目を後から付け替えればよい、とは考えないでください。実際の資金移動と契約内容をそろえて確認する必要があります。

資金が足りない会社では、社長への返済を先に進めてよいかも検討対象です。税金の計算と支払いの適切さは、それぞれ確認しましょう。

廃業か譲渡かは、税引後の現金と連帯保証で判断する

廃業と譲渡を比べるときは、税金を払った後の現金に加え、個人に残る保証負担を確認します。税額が小さい案でも、保証債務の整理が進まなければ、生活再建の見通しは立ちにくくなります。

手取り表には、会社と個人で別の欄を設ける

出口ごとの比較表は、会社用と個人用に分けて作ります。同じ売却代金を両方へ重複計上しないためです。

会社用には、事業の売却代金や資産の回収額を記載します。会社の支払いと税金を見込み、資金が足りるかを確認してください。

個人用の出発点は、株式代金など個人が受け取るお金です。そこから個人の税金や費用を見積もり、生活に使う予定額を置きます。

保証の扱いが未定なら、負担がない前提で計算を終えないでください。「金融機関の同意を確認中」と残すほうが、判断に足りない情報を把握できます。

個人から会社へ資金を入れる計画なら、双方の表に対応する記録を置きます。会社の不足を埋めた結果、個人の納税資金が足りなくなる案も見つけやすくなります。

株を売っても、連帯保証の解除は別に確認する

株主や代表者が変わるだけで、従前の経営者の保証が自動的に外れるわけではありません。金融機関の同意を前提に、対象となる保証の扱いを確認する必要があります。

買い手の「対応する」という言葉と、金融機関の解除への同意は別です。誰が、何を、どの段階まで確認したかを記録してください。

株式代金の入金と、連帯保証の解除確認は、別々の完了事項です。 売却後に書類がそろう予定なら、未了の場合の扱いまで専門家と確認します。

あさひ国際会計株式会社は、協議に必要な資料を整える後方支援を担います。事業価値の説明資料の作成とM&Aの条件設計が、当社の役割です。金融機関との交渉の主体は経営者ご本人と、必要に応じて依頼する弁護士等です。

契約に保証の扱いを書いたことだけで、確認を終えないでください。金融機関側の手続きがどこまで進んだかを、資料とともに管理します。

譲渡代金が少なくても、事業を残す意味は検討できる

譲渡を考える理由は、社長個人が多くの代金を受け取ることだけではありません。従業員の働く場や取引の継続も、廃業との比較材料になります。

引き継ぎの対象は契約条件次第です。買い手がいるだけで、雇用や取引がすべて同じ形で残るとは限りません。何を残したいのかを先に伝え、提示された条件と照らし合わせます。

家族への負担を減らしたい場合も、株式価格だけを目標にしないでください。保証の扱いと生活資金が見通せるかを、同じ検討表に載せましょう。

時間も条件のひとつです。価格の上積みを待つ間に資金が尽きるなら、会社が支払いを続けられる期間と比較します。

従業員や取引先への責任を感じて、判断を先延ばしにしたくなることもあります。それでも、残せる事業と支払いの限界を整理する作業は、関係者への説明を具体化する助けになります。

税金を払えない見込みなら、免除と猶予を混同しない

納税資金が不足しそうなときは、必要額と不足する時期を整理します。会社の税金か、経営者個人の税金かも明確にしてください。

国税通則法には「納税者がその事業を廃止し、又は休止したこと」という規定があります。その事実などに基づき、一時に納付できないと認められる場合が対象です。申請による納税の猶予は1年以内の期間とされます。出典は国税通則法46条2項です（e-Gov法令API・2026年8月19日確認）。

別の制度として、申請による換価の猶予があります。要件には「納税について誠実な意思を有すると認められる」ことが含まれます。納期限から6月以内の申請により、財産の換価を1年以内の期間、猶予する仕組みです。出典は国税徴収法151条の2です（同・2026年8月19日確認）。

どちらも税金そのものの免除ではありません。利用できる条件や必要資料を税理士に確認し、資金表へ反映させます。会社の廃業が、そのまま株主個人への適用理由になるとも限りません。

会社側に滞納がある場合は、詳しくは税金滞納から差し押さえまでのタイミングをご覧ください。

税額が未確定でも、相談は資料と役割を分けて進められる

自社株の税額を自分で確定させてから相談する必要はありません。取引の候補と資料の不足を伝えれば、税務計算と廃業・譲渡の検討を並行して進めやすくなります。

最初にそろえるのは、株と借入と支払予定の資料

すべての書類を探し終えるまで、相談を延ばす必要はありません。手元の資料を、確認したい内容ごとに分けてください。

• 株主と保有状況が分かる資料。
• 株式の取得時の契約や払込記録。
• 直近の決算書と試算表。
• 借入残高と保証内容が分かる書類。
• 今後の入出金予定が分かる資料。

見つからない書類は、不足として伝えます。取得の経緯が曖昧でも、設立時から株主なのか、途中で引き継いだのかが分かれば調査の入口になります。

支払いが迫っている場合は、資料の完成度より日付を優先してください。給与などの支払日と不足見込額を共有すると、検討に使える時間をそろえられます。

買い手から提案を受けているなら、提示条件も添えましょう。口頭の説明だけで決まっている部分は、その旨を記載します。合意済みの条件と希望を区別するためです。

税金・契約・買い手探しは、担当する仕事を確認する

税額の計算や申告は税理士の担当領域です。契約上の責任や債務整理などの法律問題は、弁護士等の専門家による確認が必要です。

M&A仲介では、買い手候補の探索や取引条件の整理を進めます。相談時は、各担当者がどこまで受け持つかを確認してください。

初回の説明で確かめたい事項は、次のとおりです。

• 税額の試算を誰が担当するか。
• 契約の法的確認を誰が担当するか。
• 買い手候補をどう検討するか。
• 保証の未了事項をどう管理するか。

あさひ国際会計株式会社への相談でも、まず事情を整理できます。当社が担う仲介と資料作成の範囲を示し、専門家による確認が必要な事項を分けて進めます。

すでに弁護士から助言を受けている場合は、その内容も共有してください。状況によっては法的整理が適切な場合もあります。M&Aを優先すると決めつけず、支払いの余力と事業の引き継ぎ可能性を合わせて検討します。

持ち出しの有無と、税金まで含む総支出を分ける

当社への相談は無料で、着手金はありません。報酬は成約時に譲渡代金の中から精算するため、売り手の手元からの持ち出しは0円です。

仲介報酬の精算方法についての説明です。成功報酬まで無料になる意味ではありません。取引に伴う税金や、別途依頼する専門家の費用を含む説明でもありません。

契約前には、次の内容を確認してください。

• 成約時に精算する報酬額。
• 譲渡代金から差し引かれる費用。
• 別途契約となる業務の範囲。
• 税金を見込んだ後の残額。

今ある現金で着手できるかと、最後にいくら残るかは別の問いです。手元資金が乏しい場合は、初回にその事情を伝えてください。精算条件と別途生じる支出を確認するところから進められます。

専門家費用まで用意できない場合も、その不足を隠して契約を急ぐ必要はありません。依頼範囲と支払時期を明らかにし、必要な確認をどの順序で進めるかを相談します。

仮の試算を作り、契約条件が固まった段階で更新する

税額は、検討の初期に概算を置き、取引条件が具体化したら更新します。最初の数字をそのまま最終的な手取りとして使わないでください。

更新する場面は、価格が変わったときだけではありません。株式譲渡から事業譲渡へ変わる場合も、計算の見直しが必要です。会社への貸付金の扱いや、報酬の負担者が変わる場合も同様です。

実務の順序は、次のように整理できます。

1. 売却・買い取り・清算の候補を並べる。
2. 各候補の税金と資金不足を試算する。
3. 保証と事業の引き継ぎ条件を確認する。
4. 契約案に合わせて試算を更新する。

概算表には作成日と未確認の条件を添えます。古い試算と新しい契約案を組み合わせる取り違えを防ぐためです。

家族へ説明する際も、確定した額と見込みの額を分けて伝えましょう。「売れれば残る予定のお金」と「すでに生活に使えるお金」が混ざると、生活費の計画にも無理が生じます。

よくある質問

自社株は持っているだけで、毎年税金がかかりますか？

保有しているだけで、毎年株式の譲渡益に対する税金がかかるわけではありません。売却による利益や配当など、取引の内容に応じて課税を確認します。会社が毎年負担する税金と、株主個人の税金は分けて考えてください。

廃業を検討しているなら、手放し方によって個人へいくら残るかを試算します。会社の預金と自社株の価値も、同じ金額とは限りません。

会社が赤字なら、自社株を売っても税金はかかりませんか？

会社が赤字という理由だけで、個人の株式売却が非課税になるわけではありません。個人の売却代金と取得費などから、譲渡益が生じるかを確認します。会社の損益計算と、株主個人の税金の計算は別です。

売却額がまだ決まっていなくても、取得費の資料は先に確認できます。赤字の額に加え、株を得た経緯も伝えると試算を進めやすくなります。

自分の会社に買い取ってもらうほうが、税金は少なくなりますか？

発行会社の買い取りが、第三者への売却より有利とは限りません。みなし配当の有無と金額に加え、個人のほかの所得も確認する必要があります。会社の資金が減るため、支払いを続けられるかも検討対象です。

同じ受取額を置いた税額だけで決めず、会社側の資金表も作ってください。買い取りを実行できる条件が整うか、税務と手続きの両面から確かめます。

株式の売却代金を借入返済に使えば、税金はなくなりますか？

借入の元本返済に使ったという理由だけで、株式の譲渡益が減るわけではありません。売却による税金の計算と、入金後のお金の使い道は分けて考えます。返済後に現金が残らなくても、納税が必要となる場合があります。

会社の借入か個人の借入かも確認してください。会社へ資金を入れる予定なら、金額を決める前に、個人の納税見込額を資金表へ置きます。

まとめ

自社株の取得資料と借入・保証の書類を集め、あさひ国際会計株式会社へ、廃業か譲渡か迷っていることと支払予定をお伝えください。他社で断られた場合も相談を承りますが、状況によっては法的整理が適切な場合もあるため、税引後の現金と保証の扱いを整理して判断を進めます。

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この記事を書いた人

あさひ国際会計株式会社 代表取締役 金子広夢
東京都中央区日本橋兜町17番2号 兜町第6葉山ビル4階／中小企業庁 M&A支援機関登録制度 登録支援機関
連帯保証の解除を見据えた再生型M&Aを専門に、年間60件以上のM&A仲介の成約実績があります。
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最終更新日: 2026年9月22日